More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2002 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  689    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 367 aa  378  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 325 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  30.14 
 
 		 333 aa  99.4  8e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 327 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 342 aa  98.2  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 330 aa  95.1  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 328 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 318 aa  92.4  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 339 aa  90.5  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  26.44 
 
 		 324 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 314 aa  89.7  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  31.51 
 
 		 317 aa  89.7  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 316 aa  89.4  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 336 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 330 aa  89  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 347 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  32.07 
 
 		 318 aa  87  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 368 aa  86.7  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 326 aa  86.7  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 327 aa  86.7  6e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25.87 
 
 		 311 aa  86.3  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 322 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 352 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 321 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 319 aa  85.9  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 389 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.52 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 330 aa  82  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  25.09 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  25.09 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 346 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 346 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 346 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  25.09 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 331 aa  79  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 324 aa  79  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 777 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 338 aa  77.4  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2823  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599889  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 335 aa  76.3  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 326 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.69 
 
 		 342 aa  75.9  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 337 aa  74.7  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 791 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.19 
 
 		 385 aa  74.3  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.87 
 
 		 302 aa  73.6  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  25.69 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 325 aa  73.2  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  31.12 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  32.89 
 
 		 791 aa  72.8  0.000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  33.57 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 316 aa  71.6  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1695  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.674415  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  24.61 
 
 		 791 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2794  helix-turn-helix domain-containing protein  37.17 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.474523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  26.52 
 
 		 348 aa  69.3  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2046  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 326 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  27.46 
 
 		 347 aa  67.8  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.383418  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.1 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 354 aa  67.4  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.1 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.1 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  25.1 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 319 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.71 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3599  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 844 aa  66.2  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.675813 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2962  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  25.6 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4308  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0968012 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 316 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  34.06 
 
 		 492 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>