More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4308 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4308  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  654    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0968012 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4320  AraC family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 333 aa  207  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1695  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 324 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.674415  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4321  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 323 aa  159  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25.68 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 389 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 305 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 367 aa  71.6  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 340 aa  69.3  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 337 aa  67  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 329 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 340 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3261  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 		 339 aa  63.9  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0000231694  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 777 aa  62.4  0.000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.17 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.17 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  32.17 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.17 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 336 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  31.3 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 326 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  33.59 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.74 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3517  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 		 305 aa  58.9  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  21.68 
 
 		 328 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 325 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5123  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 348 aa  58.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  29.2 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5067  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  31.73 
 
 		 791 aa  58.2  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  21.18 
 
 		 327 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 348 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 348 aa  57  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1968  AraC family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 348 aa  57  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.83471 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  22.43 
 
 		 330 aa  57  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.34 
 
 		 385 aa  57  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1604  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 354 aa  57  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 368 aa  56.6  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  27.66 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 352 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 332 aa  56.2  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4958  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 165 aa  56.2  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 386 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3111  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.19 
 
 		 314 aa  56.2  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.406543  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2090  helix-turn-helix domain-containing protein  34.95 
 
 		 339 aa  55.8  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.639887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 338 aa  55.8  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 330 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 386 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 316 aa  55.8  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 345 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 345 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  35.29 
 
 		 311 aa  55.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  31 
 
 		 316 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 334 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 301 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  40.24 
 
 		 351 aa  55.1  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 321 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2823  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 332 aa  54.7  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599889  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5513  putative AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 344 aa  55.1  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 345 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 373 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3661  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 		 289 aa  54.3  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.768237  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 321 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 348 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 356 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 318 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.82 
 
 		 314 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.15 
 
 		 316 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>