More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3111 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3111  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 314 aa  653    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.406543  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 301 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 301 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 301 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 312 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 279 aa  75.5  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 278 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  28.76 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2672  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 270 aa  74.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  31.13 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 273 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 269 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  33.58 
 
 		 272 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34510  ArgR-like transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 324 aa  72.4  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2765  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 270 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0588178  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 273 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 273 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 346 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 296 aa  71.6  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  34.33 
 
 		 271 aa  70.9  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 533 aa  70.5  0.00000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.8 
 
 		 497 aa  69.7  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2858  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 270 aa  69.7  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141433  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  35.11 
 
 		 257 aa  69.3  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  35.64 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 430 aa  69.3  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 311 aa  68.6  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 277 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 338 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3921  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.441659  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 281 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 279 aa  68.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 340 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 341 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 339 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 282 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 332 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 279 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  36.27 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 277 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  28.68 
 
 		 280 aa  68.2  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 315 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 678 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2224  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 278 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000575993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4621  transcriptional regulator ArgR  30.16 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>