More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3834 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 340 aa  698    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 319 aa  380  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 315 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 318 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  30.09 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  30.09 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  30.09 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 318 aa  150  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  30.57 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 330 aa  129  6e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  26.93 
 
 		 348 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  25.48 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 347 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 352 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  30.85 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  29.18 
 
 		 316 aa  106  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 316 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.05 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 324 aa  102  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  25.4 
 
 		 309 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 324 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 327 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 312 aa  98.6  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 777 aa  98.6  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  26.01 
 
 		 791 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 330 aa  97.4  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  45.28 
 
 		 791 aa  97.1  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  23.67 
 
 		 333 aa  97.1  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 319 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  25.24 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.58 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.33 
 
 		 342 aa  94  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 791 aa  93.2  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 322 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 356 aa  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4500  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 323 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 368 aa  90.9  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 318 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 356 aa  90.5  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.81 
 
 		 311 aa  90.1  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.95 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 325 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 368 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.63 
 
 		 302 aa  87.8  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.93 
 
 		 304 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  22.3 
 
 		 288 aa  86.7  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  24.46 
 
 		 323 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 		 382 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2046  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 326 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2287  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 346 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0383209 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 314 aa  82.8  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 326 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 317 aa  82.4  0.000000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 328 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 326 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 326 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 326 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0675  transcriptional regulator, AraC family  24.64 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 331 aa  80.9  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1779  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.255898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 344 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2090  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.639887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 335 aa  79.7  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0488  AraC family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 186 aa  78.6  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  25.95 
 
 		 313 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0534  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 261 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 324 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  23.4 
 
 		 340 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>