More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3050 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 323 aa  665    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  62.78 
 
 		 319 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  61.51 
 
 		 319 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 321 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 321 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 326 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 326 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 326 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 326 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 326 aa  212  9e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 		 320 aa  123  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 352 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 329 aa  103  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  27.63 
 
 		 324 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 318 aa  102  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 330 aa  99  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 321 aa  98.6  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  94.4  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  28.19 
 
 		 318 aa  90.5  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 354 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  26.56 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 318 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 312 aa  87  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 330 aa  87  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 325 aa  86.7  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  24.46 
 
 		 340 aa  86.3  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 336 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.71 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 338 aa  82.8  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 314 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 330 aa  78.6  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  23 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.65 
 
 		 385 aa  77.4  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.43 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  24.53 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  43.81 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 335 aa  75.1  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 368 aa  74.7  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  26.33 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  26.33 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  26 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  22.41 
 
 		 333 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 373 aa  71.6  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 373 aa  71.6  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 367 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 382 aa  70.9  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 330 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 389 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.14 
 
 		 342 aa  69.7  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 777 aa  69.7  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 316 aa  69.3  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5123  AraC family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 348 aa  68.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  35.96 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 318 aa  67  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  26.07 
 
 		 309 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 327 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2823  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599889  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  23.94 
 
 		 791 aa  66.2  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 342 aa  65.9  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 332 aa  65.5  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1111  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 346 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4958  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 165 aa  64.3  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 344 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0131  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 328 aa  63.9  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  23.73 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 1341 aa  63.5  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  31.29 
 
 		 354 aa  63.2  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  32.26 
 
 		 1347 aa  62.8  0.000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2695  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 336 aa  62.8  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  0.587426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 338 aa  62.8  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  32.48 
 
 		 1366 aa  62.8  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>