More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2695 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2695  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  688    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  0.587426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 361 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1433  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 341 aa  124  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000646594 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71170  AraC family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 336 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6176  putative transcriptional regulator  30.03 
 
 		 336 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0347  transcriptional regulator, AraC family  29.26 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  28.08 
 
 		 334 aa  119  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4021  AraC family transcriptional regulator  27.79 
 
 		 353 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.322888  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3287  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 331 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02043  transcriptional regulator transcription regulator protein  27.33 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  30.47 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4809  transcriptional regulator  28.66 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.193614  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  28.8 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  26.71 
 
 		 331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 338 aa  112  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7695  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001535  transcriptional regulator AraC family  27.99 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2915  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  26.65 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.904255  normal  0.163293 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3578  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0329  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  26.88 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5229  transcriptional regulator  26.71 
 
 		 314 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.35662  normal  0.0289181 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  27.85 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1950  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5220  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.974611 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5064  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0829  transcriptional regulator  29.64 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.351289 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4511  transcriptional regulator, AraC family  29.65 
 
 		 341 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3303  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0489  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1960  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0692  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0988  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0759  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 332 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2253  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 321 aa  106  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 332 aa  106  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 345 aa  106  6e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1850  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 314 aa  106  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.999636  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 332 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 332 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 332 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 332 aa  105  8e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2126  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 361 aa  105  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0968  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0848  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 361 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2189  transcriptional regulator  34.87 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.156364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2921  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 317 aa  104  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  25.16 
 
 		 339 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5693  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 336 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114959 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1586  transcriptional regulator  27.87 
 
 		 333 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5062  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 331 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.652687  normal  0.0215007 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0305  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00276318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0325  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.416285 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0599  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 326 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.703076 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0469  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  22.74 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4030  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.364388 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 332 aa  100  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3735  helix-turn-helix domain-containing protein  32.43 
 
 		 343 aa  100  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1007  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 365 aa  100  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4823  transcriptional regulator  27.13 
 
 		 338 aa  100  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0739  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 365 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2105  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 421 aa  99.8  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  26.5 
 
 		 337 aa  99.8  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  24.76 
 
 		 340 aa  99.8  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4903  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 315 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.208419 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0827  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 365 aa  99.4  8e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3394  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 334 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1869  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 341 aa  99  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 311 aa  99  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3990  transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 		 344 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1980  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 341 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433985  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0711  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 341 aa  99  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1528  transcriptional regulator  31.61 
 
 		 335 aa  99  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.755279  normal  0.310325 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6432  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 332 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00477793 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3170  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 327 aa  98.2  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3545  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2488  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2462  transcriptional regulator  32.81 
 
 		 337 aa  97.4  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02029  transcriptional regulator transcription regulator protein  26.16 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0570  transcriptional regulator  26.71 
 
 		 371 aa  97.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3767  transcriptional regulator  26.06 
 
 		 371 aa  97.1  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 363 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5023  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 341 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4498  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 340 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0400  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 336 aa  96.7  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>