More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5888 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 382 aa  773    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  37.47 
 
 		 391 aa  207  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 354 aa  191  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 350 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 350 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 350 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 350 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  35.33 
 
 		 344 aa  164  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  35.62 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  35.62 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 350 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 350 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  30.9 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 350 aa  145  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 344 aa  144  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 338 aa  143  6e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 352 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  31.2 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  34.81 
 
 		 334 aa  138  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  34.81 
 
 		 334 aa  136  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2287  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 346 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0383209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 382 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 346 aa  132  9e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  32.83 
 
 		 337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 380 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  34.77 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 		 309 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4055  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 311 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 318 aa  124  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 332 aa  124  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 373 aa  123  6e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 373 aa  123  6e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  32.01 
 
 		 335 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 356 aa  117  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  28.03 
 
 		 350 aa  116  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  41.81 
 
 		 348 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  31.35 
 
 		 331 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 351 aa  112  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  32.13 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2016  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 375 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875344  normal  0.643509 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 352 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 324 aa  99.4  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 347 aa  99.4  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 333 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 343 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 346 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 346 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 346 aa  96.7  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  27.47 
 
 		 386 aa  95.5  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0294  putative transcription regulator protein  27.08 
 
 		 352 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.785929  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  31.4 
 
 		 791 aa  90.9  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 279 aa  89  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.65 
 
 		 316 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 777 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  31.19 
 
 		 316 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 336 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 336 aa  80.9  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 328 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 317 aa  79.3  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 327 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  42.72 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 320 aa  75.5  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  42.99 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 329 aa  72.4  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 318 aa  72  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 319 aa  72  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  26.37 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 342 aa  70.9  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  40.71 
 
 		 323 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  23.81 
 
 		 324 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  29.23 
 
 		 791 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  23.91 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 367 aa  68.2  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 791 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.48 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 368 aa  67  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  35.48 
 
 		 317 aa  67  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  36.17 
 
 		 318 aa  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 318 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 318 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 324 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 333 aa  64.7  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>