More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3159 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3159  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  92.43 
 
 		 318 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2689  AraC family transcriptional regulator  91.17 
 
 		 318 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779862 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2886  AraC family transcriptional regulator  90.22 
 
 		 318 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2320  AraC family transcriptional regulator  78.86 
 
 		 335 aa  527  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2969  AraC family transcriptional regulator  73.42 
 
 		 324 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32060  transcriptional regulator XylS  63.52 
 
 		 318 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08570  transcriptional activator, BenR (AraC family)  63.01 
 
 		 319 aa  394  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2718  transcriptional regulator XylS  61.64 
 
 		 328 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2782  AraC family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 321 aa  315  8e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0613905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  45.74 
 
 		 323 aa  297  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0105  helix-turn-helix domain-containing protein  29.83 
 
 		 319 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 337 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 329 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 341 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  27.46 
 
 		 327 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4177  helix-turn-helix domain-containing protein  27.82 
 
 		 329 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.128864  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 355 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 355 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 355 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 341 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 330 aa  96.3  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 352 aa  96.3  7e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  27.39 
 
 		 338 aa  94.4  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 341 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 328 aa  94  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 330 aa  92.4  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  28.36 
 
 		 327 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 		 340 aa  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  24.66 
 
 		 342 aa  90.5  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  27.6 
 
 		 321 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 321 aa  89.7  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 341 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 392 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  37.76 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 332 aa  87.4  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 319 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 354 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  27.43 
 
 		 369 aa  87  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 321 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 369 aa  87  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 369 aa  87  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 369 aa  87  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 341 aa  86.7  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 319 aa  86.7  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 334 aa  86.3  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 334 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 334 aa  86.3  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  25.64 
 
 		 405 aa  86.3  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 389 aa  86.3  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1125  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  41.28 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  29.51 
 
 		 333 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  28.47 
 
 		 333 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 341 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  28.38 
 
 		 335 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0317  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 362 aa  78.6  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.463283 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 326 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 319 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 350 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3995  helix-turn-helix domain-containing protein  25.36 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1825  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 344 aa  77  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1873  helix-turn-helix domain-containing protein  26.72 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4516  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 339 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.982905 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0118  helix-turn-helix domain-containing protein  28.14 
 
 		 331 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547466 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5364  transcriptional regulator, AraC family  38.74 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0980026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 336 aa  73.2  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 333 aa  72.8  0.000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6124  transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal  0.144124 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 325 aa  72.8  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0722  helix-turn-helix domain-containing protein  24.65 
 
 		 358 aa  72.4  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00564708 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0034  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 329 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.708587  normal  0.341861 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1533  helix-turn-helix domain-containing protein  22.48 
 
 		 330 aa  72.4  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655732 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  26.89 
 
 		 317 aa  72  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 316 aa  72.4  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0275  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  26.32 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 777 aa  71.2  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 326 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3905  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 118 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 336 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  29.26 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2216  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2227  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.259057  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2273  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.228874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9068  transcriptional regulator AraC family  38.83 
 
 		 323 aa  69.3  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>