More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1831 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 352 aa  717    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  32.66 
 
 		 382 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  37.54 
 
 		 350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  31.31 
 
 		 386 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 		 382 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  32.26 
 
 		 348 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 373 aa  172  5.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 373 aa  172  5.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 380 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 350 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 344 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 391 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  27.51 
 
 		 344 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4055  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.119061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  29.68 
 
 		 340 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  28.94 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 351 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 350 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 350 aa  102  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 352 aa  99.4  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 356 aa  99  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  29.71 
 
 		 335 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 346 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 356 aa  98.6  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2287  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 346 aa  96.7  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0383209 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 331 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 334 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  27.94 
 
 		 334 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 333 aa  94  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 338 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  25.62 
 
 		 350 aa  89.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 279 aa  89  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 336 aa  88.6  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2016  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 375 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875344  normal  0.643509 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  31.51 
 
 		 317 aa  87.4  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 331 aa  87  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  29.58 
 
 		 351 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.8 
 
 		 316 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0294  putative transcription regulator protein  25 
 
 		 352 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.785929  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  28.05 
 
 		 791 aa  84.7  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 332 aa  82.4  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  24.17 
 
 		 335 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  29.1 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 313 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  25.31 
 
 		 340 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 343 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.98 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 321 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  25.38 
 
 		 319 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 324 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.4 
 
 		 304 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 317 aa  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 777 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 342 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  39 
 
 		 318 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  29.36 
 
 		 318 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  25.6 
 
 		 340 aa  64.3  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  25.21 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 354 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2962  AraC family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 338 aa  62  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.29 
 
 		 288 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 336 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 338 aa  62.4  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4958  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 165 aa  62.4  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5609  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 171 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519002  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  25.89 
 
 		 791 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 326 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 330 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0488  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 186 aa  61.2  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  37.76 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>