More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7239 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7239  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 279 aa  569  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2016  AraC family transcriptional regulator  59.86 
 
 		 375 aa  341  9e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875344  normal  0.643509 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0237  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 		 331 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0234  transcriptional regulator, AraC family  42.75 
 
 		 331 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 351 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3881  transcriptional regulator, AraC family  31.32 
 
 		 335 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.199476 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0512  AraC family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594629  hitchhiker  0.00245431 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6347  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 344 aa  116  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 356 aa  112  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 344 aa  112  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 338 aa  112  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1405  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 346 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191639 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 354 aa  105  6e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 391 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0139  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 318 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0483554  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0127  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 332 aa  103  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5888  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 382 aa  102  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  27.93 
 
 		 382 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2758  helix-turn-helix domain-containing protein  28 
 
 		 350 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0210  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 382 aa  99.4  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.278356  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1831  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 352 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366061  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 350 aa  97.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 373 aa  96.7  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 373 aa  96.7  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4409  helix-turn-helix domain-containing protein  28.36 
 
 		 386 aa  95.9  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 313 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 350 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 350 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 350 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 338 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 338 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0608  helix-turn-helix domain-containing protein  27.59 
 
 		 334 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.896231  normal  0.142741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0619  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274384 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2626  transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 		 336 aa  84  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000849178  hitchhiker  0.00271101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  24.71 
 
 		 340 aa  79.3  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4632  transcriptional regulator, AraC family  24.65 
 
 		 380 aa  79  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5718  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 350 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.796756 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6470  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  0.882875 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.97 
 
 		 347 aa  75.9  0.0000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.383418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.67 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  25.72 
 
 		 335 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2146  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 340 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0584  transcriptional regulator, AraC family  27.51 
 
 		 351 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.458735  normal  0.0134814 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 352 aa  72.4  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 		 314 aa  72.4  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1049  transcriptional regulator, AraC family  33.75 
 
 		 350 aa  72.4  0.000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049947 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.9 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 309 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 336 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.85 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 339 aa  66.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2016  helix-turn-helix, AraC type  27.05 
 
 		 337 aa  66.2  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.391158 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2287  AraC family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 346 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0383209 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 327 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  24.21 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  25 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5238  helix-turn-helix domain-containing protein  27.56 
 
 		 348 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 329 aa  63.9  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  33.33 
 
 		 1376 aa  63.5  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 347 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  33.64 
 
 		 1347 aa  62.4  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  23.41 
 
 		 324 aa  62  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 318 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 318 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  24.71 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 318 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  24.54 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.51 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.54 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.54 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  24.54 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  31.63 
 
 		 1374 aa  59.7  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 352 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0294  putative transcription regulator protein  24.02 
 
 		 352 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.785929  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4500  AraC family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0853  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 395 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0449934  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 368 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1947  two component transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 252 aa  58.9  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272912 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 319 aa  58.2  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5609  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 171 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2148  AraC-type DNA-binding domain-containing proteins  32.32 
 
 		 351 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 389 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>