More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3348 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 389 aa  807    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 330 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 336 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 324 aa  169  7e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 330 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 347 aa  117  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 352 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 329 aa  103  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  31.4 
 
 		 318 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  33.04 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 319 aa  100  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 319 aa  99.8  7e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  35.95 
 
 		 319 aa  99.8  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  35.95 
 
 		 319 aa  99.8  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 318 aa  99.8  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 318 aa  99.8  7e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  35.95 
 
 		 319 aa  99.8  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 318 aa  99.8  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 342 aa  98.6  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 368 aa  97.8  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 339 aa  97.4  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  33.22 
 
 		 318 aa  96.3  9e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 333 aa  95.9  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0675  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 327 aa  95.1  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  33.73 
 
 		 288 aa  94  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 327 aa  94  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6715  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 298 aa  93.6  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 322 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 328 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 319 aa  92.4  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  29.53 
 
 		 320 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 330 aa  92  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4762  AraC-type DNA-binding domain-containing protein- like protein  33.93 
 
 		 353 aa  91.3  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.505446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 315 aa  90.5  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  29.75 
 
 		 791 aa  89.7  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 319 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.74 
 
 		 301 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.74 
 
 		 301 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  29.41 
 
 		 324 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  30.74 
 
 		 301 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 318 aa  89.4  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.74 
 
 		 301 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 316 aa  88.6  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 321 aa  88.2  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  30.33 
 
 		 301 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.33 
 
 		 301 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 777 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  43.36 
 
 		 319 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 326 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 326 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 326 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6928  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 350 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 340 aa  84  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0488  AraC family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 186 aa  83.6  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  31.67 
 
 		 347 aa  83.2  0.000000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.383418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 316 aa  82.4  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0534  transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 261 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2090  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.639887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 326 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  39.62 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.1 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 330 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 354 aa  80.5  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7049  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1443  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.559514  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6385  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.4 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.86 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  26.92 
 
 		 791 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 367 aa  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1779  AraC family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.255898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4963  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 810 aa  77  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.559194  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1695  transcriptional regulator, AraC family  28.81 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.674415  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 325 aa  77  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3108  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 344 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 312 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 354 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 791 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  39.64 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2794  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.474523 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  31.49 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4308  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 321 aa  72.4  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0968012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>