More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4995 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  648    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  97.78 
 
 		 316 aa  631  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 368 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4500  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 323 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  28.01 
 
 		 340 aa  106  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  28.95 
 
 		 319 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 325 aa  96.3  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 319 aa  95.9  9e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 329 aa  95.1  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 318 aa  94  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 320 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  27.08 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  27.08 
 
 		 319 aa  89.7  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 319 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  27.08 
 
 		 319 aa  89.4  7e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 318 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 318 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 318 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 337 aa  89.4  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 333 aa  89.4  8e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 319 aa  89  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 315 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 327 aa  87  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 319 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 335 aa  86.7  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 338 aa  85.9  8e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 327 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.69 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 330 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 336 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 333 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 330 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 347 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  25.66 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  24.2 
 
 		 330 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.47 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.86 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0488  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 186 aa  74.3  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  21.96 
 
 		 346 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2407  helix-turn-helix domain-containing protein  28.42 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  21.96 
 
 		 346 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  21.96 
 
 		 346 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 352 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3134  helix-turn-helix domain-containing protein  22.9 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2366  transcriptional regulator, AraC family  28.43 
 
 		 335 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 330 aa  71.6  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.14 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  23.73 
 
 		 324 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 356 aa  71.6  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 339 aa  71.2  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0770  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.215515  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2585  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 339 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.168038  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2058  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3102  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2088  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1517  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 353 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000450911  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0556  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 373 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0696213  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 389 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.57 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  23.51 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 324 aa  68.9  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.51 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  23.51 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3438  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 352 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0480484 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2148  AraC-type DNA-binding domain-containing proteins  35.58 
 
 		 351 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 321 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.51 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  23.13 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0550  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 373 aa  68.2  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.51 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0481  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 373 aa  68.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.974899  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>