More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2823 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2823  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  673    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599889  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0131  transcriptional regulator, AraC family  32.48 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0126  transcriptional regulator, AraC family  34.03 
 
 		 326 aa  116  6e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.338176  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  26.81 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 329 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  28.93 
 
 		 791 aa  98.6  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 320 aa  96.3  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 331 aa  93.2  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5067  AraC family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 334 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0666766 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 321 aa  90.1  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3261  helix-turn-helix domain-containing protein  30.42 
 
 		 339 aa  90.1  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0000231694  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2962  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 338 aa  89  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 330 aa  87  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2046  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 326 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.8 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  27.6 
 
 		 318 aa  82.4  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 346 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 342 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 346 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 346 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 340 aa  76.6  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 347 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  39.05 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 330 aa  76.3  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.47 
 
 		 385 aa  76.3  0.0000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 328 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 321 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 352 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  33.09 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.81 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 336 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2794  helix-turn-helix domain-containing protein  27.88 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.474523 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 327 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 332 aa  73.2  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 325 aa  71.6  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1695  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.674415  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0534  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 261 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.913687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 319 aa  70.5  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 791 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6715  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1731  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  37.76 
 
 		 340 aa  68.9  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  34.91 
 
 		 791 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 325 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 777 aa  67  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  34.82 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 389 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 354 aa  66.2  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1058  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 334 aa  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1154  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 322 aa  65.5  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.569492  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  21.27 
 
 		 327 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  40.43 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4458  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 328 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00884299 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  22.12 
 
 		 324 aa  64.7  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  36.36 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  25.31 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  36.63 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 		 513 aa  63.9  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  36.63 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  36.63 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3599  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 844 aa  63.5  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.675813 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  32.11 
 
 		 314 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0853  AraC family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 395 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0449934  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1604  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 354 aa  60.5  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>