More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1867 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  643    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  28.3 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.57 
 
 		 342 aa  113  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 329 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  30.72 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 340 aa  98.6  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 319 aa  97.4  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 354 aa  96.3  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.54 
 
 		 288 aa  95.5  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  30.94 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 352 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 791 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 347 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 320 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.34 
 
 		 314 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  24.92 
 
 		 309 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 368 aa  89.7  5e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  29.33 
 
 		 317 aa  89.7  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 346 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 346 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 346 aa  89.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 315 aa  89.4  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  27.71 
 
 		 791 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  27.58 
 
 		 332 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 325 aa  87.8  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  30.03 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  26.28 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.44 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 338 aa  80.5  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  26.75 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 318 aa  79.3  0.00000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 327 aa  79.3  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 318 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 330 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  28 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 777 aa  78.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 335 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  26.28 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  29.95 
 
 		 791 aa  77  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  26.28 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  42.72 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  26.28 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 322 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3134  helix-turn-helix domain-containing protein  26.77 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 319 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  28.37 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 328 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 314 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  22.73 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 339 aa  73.6  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3261  helix-turn-helix domain-containing protein  28.64 
 
 		 339 aa  72.8  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0000231694  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2706  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 354 aa  72.8  0.000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129911  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 307 aa  72.4  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 331 aa  71.6  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  28.34 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 326 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0131  transcriptional regulator, AraC family  28.83 
 
 		 328 aa  70.5  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  36.08 
 
 		 1374 aa  70.9  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.74 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  24.74 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.74 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.74 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  24.74 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  24.74 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.45 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 340 aa  69.3  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 904 aa  69.3  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4231  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.100625 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3156  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.241751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  24.61 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 317 aa  68.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  24.58 
 
 		 348 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  23.29 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  23.29 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 326 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 326 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>