More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2723 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 313 aa  644    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 314 aa  254  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 354 aa  158  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  32.13 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 319 aa  109  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 		 319 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  28.53 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  28.53 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 352 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  25.48 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 330 aa  99.8  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 318 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2046  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 326 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 319 aa  96.7  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 346 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 346 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 346 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.97 
 
 		 288 aa  95.5  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 342 aa  92.4  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  29.21 
 
 		 317 aa  92.4  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.85 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 321 aa  89.7  5e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 315 aa  89.4  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.27 
 
 		 342 aa  87.8  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 326 aa  87  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.76 
 
 		 385 aa  86.3  6e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 326 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 326 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 326 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  25.64 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 337 aa  83.6  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  24.26 
 
 		 333 aa  82.4  0.000000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 322 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 339 aa  81.6  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3990  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.758645 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4103  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.309403 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  25.95 
 
 		 340 aa  79  0.00000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  26.57 
 
 		 348 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  26.06 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 328 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 324 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 330 aa  75.9  0.0000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.01 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4458  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 328 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00884299 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4958  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 165 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3517  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1154  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.569492  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.82 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1058  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.82 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  25.82 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  26.18 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.82 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  26.95 
 
 		 791 aa  72.8  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 368 aa  72.8  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  23.76 
 
 		 330 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2978  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 313 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.157468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  25.82 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 331 aa  71.6  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 327 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0131  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 328 aa  70.1  0.00000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 336 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  23.1 
 
 		 335 aa  69.7  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 316 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 340 aa  66.2  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 325 aa  66.2  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6715  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 389 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 327 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3134  helix-turn-helix domain-containing protein  22.03 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 356 aa  64.7  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4875  AraC family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0955854 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5039  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2555  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.92 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  39.13 
 
 		 329 aa  62.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.903798 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>