More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2756 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2756  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 340 aa  696    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0730533  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2464  helix-turn-helix, AraC type  59.64 
 
 		 329 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.903798 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2984  AraC family transcriptional regulator  50.46 
 
 		 336 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0543899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0135  helix-turn-helix, AraC type  35.17 
 
 		 329 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4759  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 332 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0570  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 325 aa  189  9e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0714  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.571232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2406  helix-turn-helix, AraC type  31.21 
 
 		 330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.143452  normal  0.0891394 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3045  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2656  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2306  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 395 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1832  transcription regulator protein  30.56 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.24193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3322  AraC family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 337 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3887  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4895  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 349 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.675745  normal  0.259797 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6015  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 341 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2201  transcriptional regulator, AraC family  30.94 
 
 		 335 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6310  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.933821 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6358  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 341 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0970  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5484  AraC family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6770  AraC family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1471  transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1996  helix-turn-helix domain-containing protein  28.36 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3221  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 352 aa  100  5e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1789  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 392 aa  99.4  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.327521  normal  0.830389 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3427  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 329 aa  98.2  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175517  normal  0.163129 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1961  helix-turn-helix domain-containing protein  29.7 
 
 		 327 aa  97.1  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4589  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 319 aa  95.9  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3749  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 319 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7075  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.81381 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3774  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 319 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425956 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3471  AraC family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 368 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1342  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 330 aa  92.4  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130742 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2326  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 321 aa  91.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2378  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 322 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163707 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 328 aa  89.7  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4803  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 		 340 aa  89.7  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5501  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 321 aa  89.7  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1167  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 334 aa  89.4  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 319 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3079  AraC family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 336 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4958  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4191  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 336 aa  87.8  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0406383 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2363  helix-turn-helix domain-containing protein  24.8 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140841  normal  0.0639291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0626  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 329 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 330 aa  87.8  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1533  helix-turn-helix domain-containing protein  24.81 
 
 		 330 aa  86.7  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655732 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6267  transcriptional regulator  40.18 
 
 		 378 aa  85.9  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  26.96 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1252  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 388 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00385086 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5378  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 341 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0235204  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0639  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 350 aa  84  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3100  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1694  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 369 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1722  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 369 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1738  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 369 aa  83.2  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.167182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1825  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 344 aa  82.8  0.000000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1672  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.17554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 279 aa  82.4  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2727  putative transcriptional regulator  25.6 
 
 		 333 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  40.43 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0487  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 341 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2039  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 326 aa  80.9  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.28183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1874  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 341 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.612156 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4817  transcriptional regulator, AraC family  32.86 
 
 		 333 aa  80.1  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0868306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32190  putative transcriptional regulator  24.8 
 
 		 333 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0320544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4907  transcriptional regulator, AraC family  31.69 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38721  normal  0.998424 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0534  helix-turn-helix domain-containing protein  27.6 
 
 		 369 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4832  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 339 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0998154 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  40.59 
 
 		 405 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2708  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 334 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.792624  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1125  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0233  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 334 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.533146  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 341 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2564  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 334 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1107  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.616018  normal  0.0688148 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0105  helix-turn-helix domain-containing protein  26.48 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0049  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 329 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4778  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 340 aa  77  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0612761 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5068  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.463601  normal  0.326617 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0118  helix-turn-helix domain-containing protein  39.81 
 
 		 331 aa  76.3  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.547466 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0312  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0980  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0731  helix-turn-helix domain-containing protein  38.89 
 
 		 326 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.271743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2896  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.311951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3905  helix-turn-helix domain-containing protein  34.48 
 
 		 118 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2565  helix-turn-helix domain-containing protein  39.56 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3149  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 349 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0034  transcriptional regulator, AraC family  30.94 
 
 		 329 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.708587  normal  0.341861 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4317  transcriptional regulator, AraC family  42.2 
 
 		 331 aa  73.9  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4528  transcriptional regulator, AraC family  36.42 
 
 		 373 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0629  transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 354 aa  73.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6280  AraC/XylS family transcription factor  27.06 
 
 		 347 aa  73.6  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6668  transcriptional regulator, AraC family  42 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.478308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 278 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1122  positive transcriptional regulator AndR  26.09 
 
 		 321 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>