More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3177 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  614  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  614  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 295 aa  614  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 295 aa  614  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  614  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  36.4 
 
 		 309 aa  168  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  36.4 
 
 		 309 aa  168  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  36.4 
 
 		 309 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  38.08 
 
 		 291 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  38.08 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  38.08 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  36.03 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  38.08 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  38.08 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  36.03 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  37.4 
 
 		 253 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  37.4 
 
 		 243 aa  89.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  37.4 
 
 		 243 aa  89.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  37.4 
 
 		 243 aa  89.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  30.97 
 
 		 240 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  36.59 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  36.59 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  36.59 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  36.59 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  36.59 
 
 		 253 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  36.59 
 
 		 253 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 253 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  36.59 
 
 		 253 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  46.32 
 
 		 247 aa  85.5  9e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  35.16 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  35.16 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  35.16 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  35.16 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  35.16 
 
 		 253 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  35.16 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  35.16 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  35.16 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.93 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.93 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.93 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.93 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.93 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  31.93 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.93 
 
 		 274 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3063  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 253 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00454347  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0583  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 253 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0579  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 253 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 253 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3086  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 253 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.790206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  35.25 
 
 		 265 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.09 
 
 		 274 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 265 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 209 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 265 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.66 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  40.66 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  40.66 
 
 		 265 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 252 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 284 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  38.82 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  38.82 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  30.9 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  30.9 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  30.9 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  40.4 
 
 		 276 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  30.9 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  30.9 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  30.51 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  33.6 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  37.65 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  28.23 
 
 		 261 aa  70.5  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  39.56 
 
 		 195 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1164  putative envelope protein encoded within prophage CP-933N  39.56 
 
 		 195 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.378647 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  26.17 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  26.17 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  26.17 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  30.33 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0654  HTH-type regulatory protein, AraC family  23.23 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  32.32 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3631  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.95 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0363  TCP pilus virulence regulatory protein  30.21 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.93807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>