More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0317 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  100 
 
 		 252 aa  508  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  88.49 
 
 		 252 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  86.9 
 
 		 252 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  72.62 
 
 		 252 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 252 aa  354  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  72.22 
 
 		 252 aa  354  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  71.43 
 
 		 252 aa  350  8.999999999999999e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0872  helix-turn-helix domain-containing protein  34.01 
 
 		 257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  34.15 
 
 		 259 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  34.16 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1247  AraC family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 262 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 262 aa  128  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  29.71 
 
 		 262 aa  128  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  29.71 
 
 		 262 aa  128  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  29.71 
 
 		 262 aa  128  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1918  AraC family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 259 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0612288 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0595  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.27 
 
 		 265 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  27.27 
 
 		 265 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 265 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 288 aa  96.3  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 259 aa  89.4  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 222 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  28.84 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 268 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 274 aa  79.7  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  29.54 
 
 		 284 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 		 288 aa  76.3  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  34 
 
 		 291 aa  75.1  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  34 
 
 		 291 aa  75.1  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  34 
 
 		 291 aa  75.1  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  34 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  34 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  37 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  37 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  37 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  37 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  36 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 282 aa  72  0.000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0986  transcriptional regulator, AraC family  28.82 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.949887  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  34 
 
 		 274 aa  68.2  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.66 
 
 		 274 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  34 
 
 		 274 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  34 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  34 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  34 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  34 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.66 
 
 		 274 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  25.6 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  42.68 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  36.51 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 348 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  32.37 
 
 		 356 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  32.37 
 
 		 356 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 338 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 360 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2605  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 342 aa  62.4  0.000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.384933  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17740  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.99 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.743146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  40.51 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  33.09 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  28.12 
 
 		 352 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  27.66 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 356 aa  59.3  0.00000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 361 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 369 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  39.51 
 
 		 352 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 366 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 366 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  33.93 
 
 		 315 aa  58.9  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  30 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  30 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  30 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  30.19 
 
 		 247 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  30 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  30 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  30 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  30 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>