More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_3400 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 274 aa  548  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 262 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 262 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  28.77 
 
 		 262 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  28.77 
 
 		 262 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  28.77 
 
 		 262 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 288 aa  93.2  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 252 aa  92  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 291 aa  91.3  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 252 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 252 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 252 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 288 aa  88.6  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 252 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  30.36 
 
 		 252 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  40.59 
 
 		 284 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 252 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0986  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.949887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 270 aa  76.3  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 268 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  23.6 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  23.6 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  23.6 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 265 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  25.1 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 265 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0872  helix-turn-helix domain-containing protein  32.74 
 
 		 257 aa  65.9  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  29.52 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0595  AraC/XylS family transcriptional regulator  40 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  24.79 
 
 		 249 aa  62  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  28.57 
 
 		 291 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  28.57 
 
 		 291 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  28.57 
 
 		 291 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  22.05 
 
 		 271 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  28.57 
 
 		 291 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  28.57 
 
 		 291 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  30.21 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  23.16 
 
 		 276 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  30.21 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  30.21 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  29.17 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2159  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 340 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.802618  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  30.21 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1918  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0612288 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  27.45 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  27.45 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  27.45 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  27.45 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  28.42 
 
 		 261 aa  60.1  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  27.45 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  27.45 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  33.9 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 253 aa  58.9  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  29.59 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  29.59 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  29.59 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.59 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2419  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.213082 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1803  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 362 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  29.59 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2460  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  29.59 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  29.59 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2415  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  29.59 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2325  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 344 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5742  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 344 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 343 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1247  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 269 aa  57  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  22.22 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  42.11 
 
 		 344 aa  57  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  24.51 
 
 		 265 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  24.58 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  28.99 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 338 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 342 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0363  TCP pilus virulence regulatory protein  21.23 
 
 		 276 aa  55.8  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.93807  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  25.23 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  25.23 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 209 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  25.23 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  25.23 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  25.2 
 
 		 247 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 345 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  25.23 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  23.7 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  25.23 
 
 		 253 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 345 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 373 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 336 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>