More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2325 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_2419  AraC family transcriptional regulator  95.35 
 
 		 344 aa  635    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.213082 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1803  AraC family transcriptional regulator  95.06 
 
 		 362 aa  635    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2460  AraC family transcriptional regulator  96.8 
 
 		 344 aa  657    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2325  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  696    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2415  AraC family transcriptional regulator  95.06 
 
 		 344 aa  633  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5742  AraC family transcriptional regulator  85.47 
 
 		 344 aa  566  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3009  hypothetical protein  68.75 
 
 		 129 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.236828  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2275  helix-turn-helix, AraC type  68.75 
 
 		 129 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  30.06 
 
 		 347 aa  80.5  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 342 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  28.13 
 
 		 346 aa  78.6  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 359 aa  77  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  30.46 
 
 		 360 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  25.58 
 
 		 356 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  24.85 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 344 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 362 aa  70.9  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  24.07 
 
 		 348 aa  70.5  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 341 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 396 aa  68.9  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  27.48 
 
 		 330 aa  68.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 333 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 344 aa  68.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 345 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 345 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 345 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 345 aa  67  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 341 aa  66.6  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  33.93 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 341 aa  66.2  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 345 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 350 aa  65.5  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 337 aa  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  29.63 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  23.56 
 
 		 343 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 284 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  26.77 
 
 		 335 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  43.04 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 342 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  34.94 
 
 		 335 aa  64.3  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  34.94 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  41.86 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  43.04 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  43.04 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  24.32 
 
 		 337 aa  64.3  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  23.63 
 
 		 337 aa  63.5  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  32.5 
 
 		 340 aa  63.2  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  26.76 
 
 		 346 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 345 aa  63.2  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 346 aa  62.4  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 335 aa  62.4  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  26.93 
 
 		 346 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 344 aa  60.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 365 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  31.1 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 341 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  24.86 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 344 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 348 aa  60.8  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  28.52 
 
 		 345 aa  60.8  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 268 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4725  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 342 aa  60.5  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 359 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 346 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  25.44 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 360 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 340 aa  58.9  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 347 aa  58.9  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 336 aa  59.3  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 373 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 357 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 361 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.19 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  22.87 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 356 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 222 aa  57  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 352 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 355 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 356 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  40.74 
 
 		 372 aa  57  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  36.92 
 
 		 492 aa  56.6  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  24.06 
 
 		 343 aa  56.6  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>