More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2460 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2325  AraC family transcriptional regulator  96.8 
 
 		 344 aa  648    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2419  AraC family transcriptional regulator  94.77 
 
 		 344 aa  639    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.213082 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1803  AraC family transcriptional regulator  94.48 
 
 		 362 aa  638    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2460  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 344 aa  694    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2415  AraC family transcriptional regulator  94.48 
 
 		 344 aa  637    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5742  AraC family transcriptional regulator  85.47 
 
 		 344 aa  568  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3009  hypothetical protein  68.75 
 
 		 129 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.236828  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2275  helix-turn-helix, AraC type  68.75 
 
 		 129 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 347 aa  81.6  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 346 aa  78.6  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  30.21 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  25.44 
 
 		 356 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  24.63 
 
 		 356 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 342 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 341 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 341 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 344 aa  72  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 333 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  24.07 
 
 		 348 aa  70.5  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 362 aa  70.1  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 344 aa  70.1  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 346 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 396 aa  68.9  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  30.86 
 
 		 339 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  27.32 
 
 		 346 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 337 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 		 346 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  23.87 
 
 		 343 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  31.45 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 341 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  27.17 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 352 aa  66.2  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2910  helix-turn-helix domain-containing protein  31.47 
 
 		 340 aa  66.2  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.659583  normal  0.411492 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  24.24 
 
 		 337 aa  66.2  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  33.93 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0747  transcriptional regulator, AraC family  26.06 
 
 		 348 aa  65.5  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40849  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 345 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3167  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 343 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 345 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  23.53 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 345 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 344 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  34.94 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  43.04 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  43.04 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  43.04 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3952  transcriptional regulator, AraC family  41.86 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  34.94 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 365 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 341 aa  63.5  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3765  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 361 aa  63.2  0.000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4725  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 342 aa  62.8  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2577  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 344 aa  62.4  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.25861  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 360 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 346 aa  61.6  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  32.5 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  24.07 
 
 		 344 aa  60.8  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  25.62 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 327 aa  60.8  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 268 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 373 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 357 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 336 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  25.44 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.82 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 359 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 352 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 344 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 344 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 355 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 360 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 330 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 356 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 374 aa  58.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 338 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 361 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6754  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 339 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 369 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 346 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  28.75 
 
 		 347 aa  57.8  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  39.44 
 
 		 274 aa  57.4  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  40.74 
 
 		 372 aa  57  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>