More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_D0031 on replicon NC_009788
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
209 aa  428  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  78.95 
 
 
265 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  36.73 
 
 
261 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  41.83 
 
 
271 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  42.5 
 
 
276 aa  107  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.9126 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  38.6 
 
 
249 aa  87  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  35.58 
 
 
291 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  32 
 
 
242 aa  83.6  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  35.58 
 
 
291 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  35.58 
 
 
291 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  32.57 
 
 
242 aa  82.8  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  35.58 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  35.58 
 
 
291 aa  82.8  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  36.5 
 
 
242 aa  82  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  36.5 
 
 
242 aa  82  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  36.5 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  36.5 
 
 
242 aa  82  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  36.5 
 
 
242 aa  82  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  36.5 
 
 
242 aa  82  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  31.61 
 
 
253 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  31.61 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  31.61 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  31.61 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  37.14 
 
 
240 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  31.61 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  31.61 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 
284 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  32.24 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  31.61 
 
 
253 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 
253 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 
295 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 
295 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 
295 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 
295 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 
295 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 
284 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  36.17 
 
 
247 aa  76.3  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  35.42 
 
 
253 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  35.42 
 
 
253 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 
253 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  35.42 
 
 
253 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  35.42 
 
 
253 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 
253 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  35.42 
 
 
253 aa  74.7  0.0000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  35.42 
 
 
253 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  35.42 
 
 
253 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  34.38 
 
 
253 aa  74.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  34.38 
 
 
243 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  34.38 
 
 
243 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  34.38 
 
 
243 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  35.79 
 
 
309 aa  71.2  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3063  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 
253 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00454347  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0583  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 
253 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0579  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 
253 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 
253 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3086  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 
253 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.790206  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  32.98 
 
 
274 aa  70.1  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.98 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  34.74 
 
 
309 aa  69.3  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 
288 aa  69.7  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  32.98 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  32.98 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  32.98 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  32.98 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  32.98 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  34.74 
 
 
309 aa  68.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  34.74 
 
 
309 aa  69.3  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  34.74 
 
 
309 aa  69.3  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
195 aa  69.3  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1164  putative envelope protein encoded within prophage CP-933N  27.27 
 
 
195 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.378647 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  32.98 
 
 
274 aa  66.2  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  34.34 
 
 
347 aa  65.9  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 
425 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 
288 aa  63.5  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 
268 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
291 aa  61.6  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
291 aa  61.6  0.000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
291 aa  61.6  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 
351 aa  60.1  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 
285 aa  60.1  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 
259 aa  58.9  0.00000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  35.53 
 
 
396 aa  58.9  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  22.08 
 
 
259 aa  58.5  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1486  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 
352 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.553444  normal  0.193369 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 
252 aa  58.5  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 
252 aa  58.2  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  28.07 
 
 
340 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 
343 aa  57  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2460  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 
344 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2325  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 
344 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 
262 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  26.58 
 
 
262 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 
385 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5742  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 
344 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  34.67 
 
 
345 aa  56.6  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1803  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 
362 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 
262 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
259 aa  56.2  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>