More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4884 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  100 
 
 
271 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  41.43 
 
 
261 aa  193  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  36.43 
 
 
276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  35.69 
 
 
265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  41.83 
 
 
209 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  33.73 
 
 
253 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  33.73 
 
 
253 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  39.34 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  39.34 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  40 
 
 
240 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  39.34 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  39.34 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  39.34 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  39.34 
 
 
242 aa  82  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  39.34 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  39.34 
 
 
242 aa  82.4  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  33.14 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  33.14 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  33.14 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  33.14 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  41.94 
 
 
247 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  33.14 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  33.14 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  33.14 
 
 
253 aa  79.7  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  42.7 
 
 
291 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  42.7 
 
 
291 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  42.7 
 
 
291 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  41.57 
 
 
291 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.94 
 
 
274 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  41.57 
 
 
291 aa  76.6  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  35.29 
 
 
253 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1164  putative envelope protein encoded within prophage CP-933N  32.35 
 
 
195 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.378647 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.65 
 
 
274 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  34.91 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 
274 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.65 
 
 
274 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  33.65 
 
 
274 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  34.91 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  35.29 
 
 
243 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  34.91 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  34.91 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  35.29 
 
 
243 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  34.91 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  35.29 
 
 
243 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  35.77 
 
 
195 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.65 
 
 
274 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  34.91 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  34.91 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  36.26 
 
 
274 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  36.26 
 
 
274 aa  75.9  0.0000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  36.17 
 
 
274 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 
249 aa  75.5  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0583  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 
253 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3063  transcriptional regulator, AraC family  35.88 
 
 
253 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00454347  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3086  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 
253 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.790206  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  35.88 
 
 
253 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 
284 aa  73.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0579  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 
253 aa  73.2  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  25.91 
 
 
309 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  25.45 
 
 
309 aa  69.3  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  25.45 
 
 
309 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  25.45 
 
 
309 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  35.96 
 
 
309 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 
284 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
288 aa  63.2  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 
295 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 
295 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 
295 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 
295 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  22.05 
 
 
274 aa  62  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 
295 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 
291 aa  60.5  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 
291 aa  60.1  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 
344 aa  60.1  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 
291 aa  60.5  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2460  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 
344 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2325  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 
344 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 
270 aa  58.9  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.57 
 
 
252 aa  57.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1803  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 
362 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2419  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 
344 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.213082 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  22.6 
 
 
1404 aa  57.4  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2415  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 
344 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
268 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 
341 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5742  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 
344 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 
506 aa  56.2  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 
425 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2406  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 
337 aa  55.8  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0741804  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
285 aa  55.5  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2682  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 
380 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  27.78 
 
 
360 aa  55.1  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
343 aa  55.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1656  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
342 aa  55.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.359761  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1531  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 
343 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00128514  unclonable  0.000000000084673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 
252 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 
1341 aa  54.3  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>