More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_A0092 on replicon NC_010660
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  100 
 
 
261 aa  522  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  41.43 
 
 
271 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  33.47 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  36.29 
 
 
265 aa  154  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 
209 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 
249 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 
237 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  40.82 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  40.82 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  40.82 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  40.82 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  40.82 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  40.82 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  40.82 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  38.76 
 
 
240 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  40.82 
 
 
253 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 
253 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  37.25 
 
 
253 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  37.61 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  37.61 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  37.25 
 
 
243 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  37.25 
 
 
243 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  37.61 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  37.61 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  37.61 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  37.61 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  37.25 
 
 
243 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  37.61 
 
 
242 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0200734 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  36.27 
 
 
253 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 
253 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  36.27 
 
 
253 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 
253 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  22.58 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  36.27 
 
 
253 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  22.58 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  36.27 
 
 
253 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  22.58 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  22.58 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  36.27 
 
 
253 aa  74.7  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  36.27 
 
 
253 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  36.27 
 
 
253 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  35.11 
 
 
247 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  22.18 
 
 
309 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  25.62 
 
 
291 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  25.62 
 
 
291 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  25.62 
 
 
291 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  25.62 
 
 
291 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1164  putative envelope protein encoded within prophage CP-933N  34.43 
 
 
195 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.378647 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
195 aa  70.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  25.62 
 
 
291 aa  70.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 
295 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 
295 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 
295 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 
295 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 
295 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 
284 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0579  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 
253 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0583  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 
253 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 
253 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3086  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 
253 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.790206  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3063  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 
253 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00454347  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 
284 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 
344 aa  63.9  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 
291 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 
291 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 
291 aa  63.5  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 
389 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  34.15 
 
 
269 aa  62.4  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 
385 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  31.31 
 
 
353 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0363  TCP pilus virulence regulatory protein  27.66 
 
 
276 aa  61.2  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.93807  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 
398 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.91 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 
274 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 
288 aa  60.1  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  31.91 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 
274 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 
425 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 
274 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 
274 aa  60.1  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 
288 aa  59.3  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  24.06 
 
 
262 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  24.06 
 
 
262 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  24.06 
 
 
262 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  24.06 
 
 
262 aa  59.3  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  24.06 
 
 
262 aa  59.3  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 
354 aa  58.9  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06729  hypothetical protein  26.58 
 
 
288 aa  58.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  29.29 
 
 
387 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 
338 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  30 
 
 
1342 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 
338 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  27.37 
 
 
285 aa  57.4  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  32.65 
 
 
529 aa  57  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.17 
 
 
343 aa  57.4  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>