More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0363 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0363  TCP pilus virulence regulatory protein  100 
 
 		 276 aa  551  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.93807  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  23.33 
 
 		 276 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  28.89 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  33.66 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  33.66 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  33.66 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  33.66 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  33.66 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  22.97 
 
 		 242 aa  63.2  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  22.97 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  22.97 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  22.97 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  26.7 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  22.97 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  22.97 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.74 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  26.74 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  26.74 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  26.74 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  26.74 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  26.74 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  22.52 
 
 		 242 aa  62  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0595  AraC/XylS family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  27.66 
 
 		 261 aa  61.2  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 344 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  25.75 
 
 		 274 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  32.29 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  26.5 
 
 		 265 aa  57  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 339 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  26.09 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 		 492 aa  55.8  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  21.23 
 
 		 274 aa  55.8  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  24.32 
 
 		 309 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  24.32 
 
 		 309 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  34.55 
 
 		 1374 aa  55.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  24.32 
 
 		 309 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  25.82 
 
 		 240 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  24.32 
 
 		 309 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4375  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 345 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.987701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  23.35 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0654  HTH-type regulatory protein, AraC family  23.77 
 
 		 265 aa  54.7  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3149  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 118 aa  53.9  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0282952  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  23.35 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  23.35 
 
 		 243 aa  53.9  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  24.32 
 
 		 309 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  23.35 
 
 		 253 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 1349 aa  53.9  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0872  helix-turn-helix domain-containing protein  23.58 
 
 		 257 aa  53.9  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1918  AraC family transcriptional regulator  19.71 
 
 		 259 aa  53.1  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0612288 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2046  transcriptional regulator, AraC family  40.79 
 
 		 287 aa  53.1  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.344929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 209 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 337 aa  52.8  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  30.43 
 
 		 253 aa  52.8  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 253 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  30.43 
 
 		 253 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  30.43 
 
 		 253 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  30.43 
 
 		 253 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  30.43 
 
 		 253 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  30.43 
 
 		 253 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 253 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  30.43 
 
 		 253 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  19.25 
 
 		 260 aa  52  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  30.25 
 
 		 1342 aa  52  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2406  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 337 aa  52  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0741804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 		 282 aa  50.8  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  30 
 
 		 259 aa  51.2  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 331 aa  50.8  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  43.4 
 
 		 934 aa  51.2  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  34.62 
 
 		 1414 aa  50.8  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  36.84 
 
 		 1340 aa  50.4  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  26.17 
 
 		 253 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  28.57 
 
 		 253 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 331 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  26.17 
 
 		 253 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 493 aa  50.1  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  26.17 
 
 		 253 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  26.17 
 
 		 253 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  26.17 
 
 		 253 aa  50.1  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  26.17 
 
 		 253 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  26.17 
 
 		 253 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 344 aa  49.3  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 252 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 357 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 904 aa  49.3  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 252 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  40.35 
 
 		 1296 aa  48.9  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 253 aa  48.9  0.00008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  23.84 
 
 		 195 aa  48.9  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 253 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  20.95 
 
 		 259 aa  48.9  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 367 aa  48.5  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>