More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0595 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0595  AraC/XylS family transcriptional regulator  100 
 
 		 262 aa  546  1e-154  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1247  AraC family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 269 aa  209  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  42.13 
 
 		 259 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  40.16 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0872  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 		 257 aa  178  9e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1918  AraC family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 259 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0612288 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 259 aa  138  8.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  32.28 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  31.89 
 
 		 252 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 252 aa  113  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 262 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  26.32 
 
 		 262 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  26.32 
 
 		 262 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  26.32 
 
 		 262 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 262 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.78 
 
 		 265 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  26.78 
 
 		 265 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  26.78 
 
 		 265 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 265 aa  89  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 265 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  28.81 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 268 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  32.41 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  32.41 
 
 		 309 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  32.41 
 
 		 309 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  32.41 
 
 		 309 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  32.41 
 
 		 309 aa  65.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  31.48 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  25.52 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0363  TCP pilus virulence regulatory protein  22.44 
 
 		 276 aa  60.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.93807  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.58 
 
 		 274 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 270 aa  58.5  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0303  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 		 288 aa  58.2  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  26.35 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  26.35 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  26.35 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  42.67 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1479  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  26.35 
 
 		 291 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  30.7 
 
 		 240 aa  57  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  26.35 
 
 		 291 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.58 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.58 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.58 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.58 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  31.58 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.58 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0986  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.949887  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001334  transcriptional regulator AraC family  25.83 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128083  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001035  transcriptional regulator AraC/XylS family  29.81 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  30.7 
 
 		 274 aa  55.8  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2406  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 337 aa  55.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0741804  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 337 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 247 aa  55.1  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 340 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  29.63 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3063  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00454347  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0579  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 253 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05224  hypothetical protein  25.83 
 
 		 276 aa  54.3  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  29.63 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  43.66 
 
 		 341 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  29.63 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0583  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 253 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  29.63 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 253 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  29.63 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04000  putative transcriptional regulator  33 
 
 		 350 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3086  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 253 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.790206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  29.63 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  29.63 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0401  putative transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 264 aa  53.9  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 386 aa  53.5  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  34 
 
 		 346 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0399  putative transcriptional regulator  35.16 
 
 		 350 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  30.86 
 
 		 243 aa  52.8  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  30.86 
 
 		 243 aa  52.8  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  30.86 
 
 		 253 aa  53.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  30.86 
 
 		 243 aa  53.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3661  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 291 aa  52.4  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>