More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_3911 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  100 
 
 		 253 aa  526  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  99.6 
 
 		 253 aa  525  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  99.6 
 
 		 253 aa  525  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  100 
 
 		 253 aa  526  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  100 
 
 		 253 aa  526  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  100 
 
 		 253 aa  526  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  100 
 
 		 253 aa  526  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 253 aa  526  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  99.6 
 
 		 253 aa  525  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  79.45 
 
 		 253 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  79.42 
 
 		 243 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  79.01 
 
 		 243 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  79.01 
 
 		 243 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0583  AraC family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 253 aa  282  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  56.75 
 
 		 253 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3086  AraC family transcriptional regulator  56.75 
 
 		 253 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.790206  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3063  transcriptional regulator, AraC family  56.75 
 
 		 253 aa  281  6.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00454347  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0579  AraC family transcriptional regulator  56.35 
 
 		 253 aa  280  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4559  porin thermoregulatory protein EnvY  70.9 
 
 		 146 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.87 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.33 
 
 		 274 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 274 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.33 
 
 		 274 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  33.33 
 
 		 274 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  33.33 
 
 		 274 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  44.9 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  44.9 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  44.9 
 
 		 274 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  36.81 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  30.89 
 
 		 253 aa  92  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  30.89 
 
 		 253 aa  92  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  30.89 
 
 		 253 aa  92  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  30.89 
 
 		 253 aa  92  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  34.72 
 
 		 253 aa  92  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  34.72 
 
 		 253 aa  92  8e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  34.72 
 
 		 253 aa  92  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  30.89 
 
 		 253 aa  92  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 		 253 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  33.73 
 
 		 291 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  33.73 
 
 		 291 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  33.73 
 
 		 291 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 237 aa  89  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  33.13 
 
 		 291 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  33.13 
 
 		 291 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  36.76 
 
 		 242 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 295 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 295 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 295 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 295 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 295 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  33.16 
 
 		 195 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  37.59 
 
 		 242 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  37.59 
 
 		 242 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1164  putative envelope protein encoded within prophage CP-933N  33.16 
 
 		 195 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.378647 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  37.59 
 
 		 242 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  37.59 
 
 		 242 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  37.59 
 
 		 242 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 242 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  37.59 
 
 		 242 aa  85.5  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  29.55 
 
 		 247 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  39.23 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  39.8 
 
 		 309 aa  79  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  39.8 
 
 		 309 aa  79  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  39.8 
 
 		 309 aa  78.6  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  39.8 
 
 		 309 aa  79  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  37.76 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  38.78 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  34.91 
 
 		 271 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 		 284 aa  75.5  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  36.27 
 
 		 261 aa  74.7  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 209 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 284 aa  73.6  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  33.33 
 
 		 276 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  34.62 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 270 aa  67  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0654  HTH-type regulatory protein, AraC family  28.71 
 
 		 265 aa  63.9  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 934 aa  63.2  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 262 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  32.04 
 
 		 1343 aa  62  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 262 aa  62  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  31.96 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  31.96 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  26.92 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  31.96 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2272  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.821113  normal  0.340779 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  27.19 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  30 
 
 		 252 aa  58.5  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 252 aa  58.5  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 252 aa  58.5  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3216  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.499109  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 344 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>