More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_3973 on replicon NC_011663
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 252 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  99.6 
 
 		 252 aa  503  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 252 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  99.21 
 
 		 252 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  74.21 
 
 		 252 aa  375  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  72.62 
 
 		 252 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 252 aa  367  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  32.93 
 
 		 259 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0595  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 262 aa  135  5e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  32.13 
 
 		 260 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1918  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 259 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0612288 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0872  helix-turn-helix domain-containing protein  31.56 
 
 		 257 aa  126  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 262 aa  125  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  30.28 
 
 		 262 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  30.28 
 
 		 262 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  30.28 
 
 		 262 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 262 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1247  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 269 aa  122  8e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.63 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  28.63 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 265 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 288 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 		 274 aa  95.5  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 270 aa  78.6  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 268 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  32.67 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  38.82 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  32.67 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  32.67 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  38.82 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  32.67 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  32.67 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  35 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  35 
 
 		 309 aa  72  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  35 
 
 		 309 aa  72  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  35 
 
 		 309 aa  72  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  34 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 282 aa  68.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.44 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  25.44 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  24.45 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  25.44 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  29.7 
 
 		 276 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  25.44 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  30.5 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  30.5 
 
 		 274 aa  65.5  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  30.5 
 
 		 274 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  34.52 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  30.5 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 249 aa  62.8  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  30.53 
 
 		 253 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  30.53 
 
 		 253 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  30.53 
 
 		 253 aa  62.4  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  30.53 
 
 		 253 aa  62  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  30.53 
 
 		 253 aa  62  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  30.53 
 
 		 253 aa  62  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  30.53 
 
 		 253 aa  62  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  30.53 
 
 		 253 aa  62  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  31.39 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  29.08 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  27.19 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  27.19 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  34.04 
 
 		 341 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  27.19 
 
 		 253 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  40.51 
 
 		 344 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  31.68 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 316 aa  58.9  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  40.74 
 
 		 352 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 347 aa  58.9  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  36.25 
 
 		 269 aa  58.9  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  27.87 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  33.33 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  33.33 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  33.33 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  33.33 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  33.33 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 253 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  27.87 
 
 		 242 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 242 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  33.33 
 
 		 253 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  27.87 
 
 		 242 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  33.33 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>