More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2147 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 253 aa  530  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  99.21 
 
 		 253 aa  524  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  99.21 
 
 		 253 aa  524  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  99.21 
 
 		 253 aa  524  1e-148  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  99.21 
 
 		 253 aa  524  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  99.21 
 
 		 253 aa  524  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  98.81 
 
 		 253 aa  522  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  98.02 
 
 		 253 aa  519  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  98.02 
 
 		 253 aa  517  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  35.62 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  34.68 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  34.18 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  34.18 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  34.18 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  34.18 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  33.76 
 
 		 242 aa  128  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  33.76 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  28.94 
 
 		 249 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 237 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  43.38 
 
 		 274 aa  103  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  43.38 
 
 		 274 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  43.38 
 
 		 274 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  45.45 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  45.45 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  45.45 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  45.45 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  45.45 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  35.71 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  35.71 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  35.71 
 
 		 253 aa  99.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  35.71 
 
 		 243 aa  99.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  45.45 
 
 		 274 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  43.14 
 
 		 309 aa  95.5  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  43.14 
 
 		 309 aa  95.5  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  43.14 
 
 		 309 aa  95.5  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  33.16 
 
 		 195 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  43.14 
 
 		 309 aa  95.5  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  43.14 
 
 		 309 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1164  putative envelope protein encoded within prophage CP-933N  40.48 
 
 		 195 aa  92  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.378647 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  34.72 
 
 		 253 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 		 253 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  34.72 
 
 		 253 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  34.72 
 
 		 253 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  34.72 
 
 		 253 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  34.72 
 
 		 253 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  34.72 
 
 		 253 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 253 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  34.72 
 
 		 253 aa  90.5  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  45.26 
 
 		 291 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  45.26 
 
 		 291 aa  89  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  45.26 
 
 		 291 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  45.26 
 
 		 291 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  45.26 
 
 		 291 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  40 
 
 		 276 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  33.14 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  40.82 
 
 		 261 aa  79  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 209 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 288 aa  75.5  0.0000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0579  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 253 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3063  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00454347  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3086  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.790206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 285 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0583  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  39.58 
 
 		 265 aa  72  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 252 aa  68.6  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 252 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  32.63 
 
 		 252 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 268 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 316 aa  67  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 291 aa  65.5  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 291 aa  65.5  0.0000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 291 aa  65.5  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 284 aa  65.1  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 325 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  31.43 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  31.43 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  31.43 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 347 aa  62  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 282 aa  60.8  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 360 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>