More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_F0066 on replicon NC_009786
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  100 
 
 		 265 aa  537  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  78.95 
 
 		 209 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  36.29 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  35.69 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  40.83 
 
 		 276 aa  105  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  30.2 
 
 		 242 aa  94  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  29.39 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  29.39 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  29.39 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  29.8 
 
 		 242 aa  91.3  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  38.69 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  36.54 
 
 		 291 aa  85.5  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  36.54 
 
 		 291 aa  85.5  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  36.54 
 
 		 291 aa  85.5  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  35.37 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  36.63 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  36.63 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  36.29 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  35.25 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  35.25 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  32.28 
 
 		 253 aa  78.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  33.06 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  33.06 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  33.06 
 
 		 243 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  37.76 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  37.76 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  37.76 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  37.76 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  37.76 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  37.76 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  37.76 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 237 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0583  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  29.95 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3086  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.790206  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3063  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 253 aa  75.5  0.0000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00454347  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  40.62 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  40.62 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  40.62 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0579  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  40.62 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  34.43 
 
 		 195 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  40.62 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  40.62 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  35.11 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  40.62 
 
 		 253 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  40.62 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1164  putative envelope protein encoded within prophage CP-933N  33.06 
 
 		 195 aa  72.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.378647 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 253 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  35.79 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  34.74 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  34.74 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  34.74 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  34.74 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.91 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  31.91 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 		 274 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 		 274 aa  67  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6017  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 425 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.938285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  31.91 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 268 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 262 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  28.4 
 
 		 262 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  28.4 
 
 		 262 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 326 aa  61.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  30.93 
 
 		 347 aa  61.6  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  28.4 
 
 		 262 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 288 aa  60.5  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5855  AraC family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 385 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 351 aa  58.9  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6580  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 364 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111702  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5733  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 389 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6093  AraC family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 398 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0365291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6097  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 389 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  35.44 
 
 		 341 aa  58.5  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  33.67 
 
 		 338 aa  58.9  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 317 aa  58.2  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  32.97 
 
 		 529 aa  58.5  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 398 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0363  TCP pilus virulence regulatory protein  26.5 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.93807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>