More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0583 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3063  transcriptional regulator, AraC family  99.21 
 
 		 253 aa  517  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00454347  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3086  AraC family transcriptional regulator  99.6 
 
 		 253 aa  518  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.790206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  99.6 
 
 		 253 aa  518  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0583  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 253 aa  518  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0579  AraC family transcriptional regulator  99.21 
 
 		 253 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  57.14 
 
 		 253 aa  303  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  57.14 
 
 		 253 aa  303  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  57.14 
 
 		 253 aa  303  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  58.4 
 
 		 253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  57.14 
 
 		 253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  57.14 
 
 		 253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  57.14 
 
 		 253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  57.14 
 
 		 253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  57.14 
 
 		 253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  58.33 
 
 		 243 aa  289  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  58.33 
 
 		 243 aa  289  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  58.33 
 
 		 243 aa  289  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.18 
 
 		 274 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 		 274 aa  145  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  39.18 
 
 		 274 aa  145  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  39.18 
 
 		 274 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  39.18 
 
 		 274 aa  145  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  39.18 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  39.18 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  39.18 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  38.66 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4559  porin thermoregulatory protein EnvY  46.32 
 
 		 146 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  33.84 
 
 		 291 aa  98.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  33.84 
 
 		 291 aa  98.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  33.84 
 
 		 291 aa  98.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  33.33 
 
 		 291 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  33.33 
 
 		 291 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2194  putative transcriptional regulator  40.58 
 
 		 195 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000326413  hitchhiker  0.0000000776188 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 237 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 249 aa  92.8  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1164  putative envelope protein encoded within prophage CP-933N  44.88 
 
 		 195 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.378647 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3818  transcriptional regulator GadW  40.16 
 
 		 242 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200734 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03363  DNA-binding transcriptional activator  40.16 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0198  transcriptional regulator, AraC family  40.16 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0202  AraC family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4001  transcriptional regulator GadW  40.16 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4875  transcriptional regulator GadW  40.16 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3717  transcriptional regulator GadW  40.16 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.347301  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3913  transcriptional regulator GadW  40.16 
 
 		 242 aa  90.5  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  38.58 
 
 		 247 aa  89  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 295 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 295 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 295 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 295 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 295 aa  89  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0052  HTH-type transcriptional regulator YdeO  40.15 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  38.71 
 
 		 253 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  38.71 
 
 		 253 aa  85.9  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  38.71 
 
 		 253 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  38.71 
 
 		 253 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  38.71 
 
 		 253 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  38.71 
 
 		 253 aa  85.9  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  38.71 
 
 		 253 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  38.71 
 
 		 253 aa  85.9  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  30.48 
 
 		 265 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4884  hypothetical protein  35.88 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200087 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  40.4 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  40.4 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  40.4 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  40.4 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  39.39 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  34.65 
 
 		 276 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 209 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0092  transcriptional activator of virulence loci  34.69 
 
 		 261 aa  73.9  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  37.5 
 
 		 259 aa  65.5  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  32.67 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  34.57 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 268 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 364 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2718  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 331 aa  62.4  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309791  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 344 aa  62.4  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  36.05 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  34 
 
 		 252 aa  62  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 288 aa  61.6  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0654  HTH-type regulatory protein, AraC family  30.94 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3834  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 353 aa  60.8  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 270 aa  61.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 		 934 aa  60.5  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 284 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 252 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0595  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 506 aa  60.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  34.18 
 
 		 343 aa  59.7  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 252 aa  59.3  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 252 aa  59.3  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 341 aa  58.9  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>