More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1460 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 259 aa  524  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  34.84 
 
 		 259 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0595  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 262 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  31.15 
 
 		 260 aa  136  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0872  helix-turn-helix domain-containing protein  32.93 
 
 		 257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1918  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 259 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0612288 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1247  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 269 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 252 aa  89.4  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 252 aa  89  8e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  24 
 
 		 252 aa  85.5  8e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 252 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 252 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 268 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  24 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  23.18 
 
 		 347 aa  65.1  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  21.46 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  21.46 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  21.46 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  21.05 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  29.09 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  20.65 
 
 		 262 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  22.17 
 
 		 347 aa  61.6  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  26.96 
 
 		 1349 aa  60.1  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0066  AraC family transcription regulator  27.46 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0603708  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0031  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  28.71 
 
 		 291 aa  58.5  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  28.71 
 
 		 291 aa  58.5  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  28.71 
 
 		 291 aa  58.5  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  22.8 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  28.71 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  22.8 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  22.8 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 284 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  28.71 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 284 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5742  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  29.36 
 
 		 1370 aa  57.4  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  32.67 
 
 		 1335 aa  57  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  30.3 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  20.81 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  20.81 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  20.81 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  20.81 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  20.81 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  27.1 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  28.21 
 
 		 1397 aa  56.2  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 352 aa  56.2  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  27.1 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  27.1 
 
 		 309 aa  55.8  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  27.1 
 
 		 309 aa  55.8  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  27.1 
 
 		 309 aa  55.8  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  22.69 
 
 		 312 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  26.56 
 
 		 253 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  26.56 
 
 		 253 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2325  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 344 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1803  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 362 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  26.56 
 
 		 253 aa  54.7  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2419  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 344 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.213082 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  26.56 
 
 		 253 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2460  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 344 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  22.69 
 
 		 312 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 253 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2415  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 344 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  20.8 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  32.04 
 
 		 347 aa  55.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  26.56 
 
 		 253 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02292  predicted DNA-binding protein  32.14 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1287  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  24.58 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  22.69 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 344 aa  54.3  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2534  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 392 aa  53.9  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 265 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2672  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  24.58 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02253  hypothetical protein  32.14 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  22.69 
 
 		 312 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3614  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 285 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.950607 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  25.78 
 
 		 253 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 253 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  22.69 
 
 		 312 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  22.69 
 
 		 312 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  22.69 
 
 		 312 aa  53.5  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6523  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 329 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.317039 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  22.69 
 
 		 312 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  25.78 
 
 		 253 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5669  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 329 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6033  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 329 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.695454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  24.58 
 
 		 274 aa  53.9  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  27.68 
 
 		 346 aa  53.9  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  23.73 
 
 		 274 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  32.61 
 
 		 343 aa  53.5  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2406  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 337 aa  53.1  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0741804  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>