More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0654 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0654  HTH-type regulatory protein, AraC family  100 
 
 		 265 aa  539  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  39.7 
 
 		 269 aa  186  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2332  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000141159  normal  0.457995 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 318 aa  68.9  0.00000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 934 aa  68.6  0.0000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 367 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  36.45 
 
 		 328 aa  67  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  28.67 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  28.67 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0092  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 745 aa  66.2  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  28.67 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0089  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 745 aa  66.2  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  28.67 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  28.67 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 		 265 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 320 aa  65.5  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 		 265 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0997  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 358 aa  65.5  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4641  porin thermoregulatory protein EnvY  26.52 
 
 		 253 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.841286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5629  transcriptional regulator AdiY  28.71 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03987  DNA-binding transcriptional activator  28.71 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3876  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4550  porin thermoregulatory protein EnvY  26.52 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.578175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4690  porin thermoregulatory protein EnvY  26.52 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03948  hypothetical protein  28.71 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3911  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.508858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4670  transcriptional regulator AdiY  28.71 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4581  transcriptional regulator AdiY  28.71 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4613  transcriptional regulator AdiY  28.71 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4641  porin thermoregulatory protein EnvY  26.52 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4356  transcriptional regulator AdiY  28.71 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.823091  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6124  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1131  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 342 aa  63.9  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.079056 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.5 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  27.5 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  23.23 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  23.5 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0073  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  35.05 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 344 aa  62.4  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  35 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  26.75 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1451  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.508698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 363 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  26.75 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 268 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  37.93 
 
 		 346 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  26.75 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 318 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 311 aa  60.1  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  34.69 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  32.65 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  32.99 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  32.29 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 492 aa  59.3  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 315 aa  59.3  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1537  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 370 aa  59.3  0.00000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  22.75 
 
 		 271 aa  58.9  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  32.29 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  32.29 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  32.29 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  32.29 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  32.29 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4331  transcriptional activator RhaS  32.99 
 
 		 278 aa  58.5  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0197402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 341 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3517  transcriptional regulator, AraC family  22.04 
 
 		 305 aa  58.9  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4377  transcriptional activator RhaS  32.99 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3482  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  31.68 
 
 		 1335 aa  58.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 322 aa  58.2  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3991  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 353 aa  58.2  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.628776  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0940  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 		 336 aa  58.2  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1698  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 686 aa  58.5  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000348751  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1432  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 686 aa  58.2  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00438113  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 252 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  35.56 
 
 		 343 aa  58.5  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  32.74 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4291  transcriptional activator RhaS  32.99 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4443  transcriptional activator RhaS  32.99 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>