More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1918 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1918  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 259 aa  534  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0612288 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1247  AraC family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 269 aa  241  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0872  helix-turn-helix domain-containing protein  41.02 
 
 		 257 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0595  AraC/XylS family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 262 aa  183  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  37.31 
 
 		 260 aa  167  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  37.31 
 
 		 259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 252 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  32.95 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 252 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  32.17 
 
 		 252 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 		 259 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 252 aa  126  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 262 aa  86.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  30.77 
 
 		 262 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  30.77 
 
 		 262 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  30.77 
 
 		 262 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 262 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.38 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  24.38 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  32.11 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  32.11 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  32.11 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  32.11 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  31.19 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 		 288 aa  69.7  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 288 aa  68.9  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4003  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.78 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4877  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.78 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3914  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.78 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03364  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.78 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0197  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3719  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.78 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.842811  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03317  hypothetical protein  35.78 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0201  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.78 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3819  DNA-binding transcriptional regulator GadX  35.78 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0660589 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  25.52 
 
 		 284 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  36.36 
 
 		 1334 aa  62.4  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 398 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  39.02 
 
 		 1316 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 282 aa  58.9  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001523  putative AraC-type regulatory protein  25.78 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205553  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4850  two component transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623766 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 340 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3065  transcriptional regulator, AraC family  36.99 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0508802  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2989  transcriptional regulator, AraC family  24.2 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.326814  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3072  AraC family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  hitchhiker  0.00256157 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3020  transcriptional regulator, AraC family  24.2 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0395557 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3056  AraC family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.106838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3177  AraC family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246411 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2593  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 315 aa  55.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0667  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0690  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 316 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.301677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0306  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 315 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0789  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 315 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1473  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 340 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4661  AraC family regulatory protein  28.28 
 
 		 291 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0769  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 340 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.93872  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4661  AraC family regulatory protein  28.28 
 
 		 291 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.81268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0563  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 340 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1503  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 340 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4570  AraC family regulatory protein  28.28 
 
 		 291 aa  53.9  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.132116  normal  0.374836 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0588  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 340 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0758  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 315 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 		 248 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0363  TCP pilus virulence regulatory protein  19.71 
 
 		 276 aa  53.9  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.93807  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1280  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 340 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  35.71 
 
 		 1327 aa  53.1  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3834  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 353 aa  53.5  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 347 aa  53.1  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 316 aa  53.5  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1674  transcriptional regulator YdeO  31.25 
 
 		 253 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01457  predicted DNA-binding transcriptional acfivator  31.25 
 
 		 253 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01470  hypothetical protein  31.25 
 
 		 253 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2158  transcriptional regulator YdeO  31.25 
 
 		 253 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1689  transcriptional regulator YdeO  31.25 
 
 		 253 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1762  transcriptional regulator YdeO  31.25 
 
 		 253 aa  53.1  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 270 aa  52.8  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2112  transcriptional regulator YdeO  31.25 
 
 		 253 aa  52.8  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.817957  normal  0.345974 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4710  AraC family regulatory protein  28.43 
 
 		 291 aa  53.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.238652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1584  transcriptional regulator YdeO  31.25 
 
 		 253 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.249999  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4576  AraC family regulatory protein  28.43 
 
 		 291 aa  52.8  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  34.18 
 
 		 247 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1607  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 370 aa  52.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  31.73 
 
 		 353 aa  52.4  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 339 aa  51.6  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0639  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 253 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.994132  normal  0.332523 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>