130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1247 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1247  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 269 aa  553  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1918  AraC family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 259 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0612288 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0595  AraC/XylS family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 262 aa  209  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0872  helix-turn-helix domain-containing protein  40.45 
 
 		 257 aa  206  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.321914 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001408  transcriptional regulator AraC/XylS family  38.61 
 
 		 259 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06341  hypothetical protein  37.08 
 
 		 260 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0317  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0281  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3868  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 252 aa  123  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0359571 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4050  helix-turn-helix domain-containing protein  30.68 
 
 		 252 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3973  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4168  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4081  helix-turn-helix domain-containing protein  29.92 
 
 		 252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1460  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.133338  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1157  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 262 aa  96.3  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.220941  normal  0.673316 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1123  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 262 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.14002e-21 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1040  regulatory protein  29.17 
 
 		 262 aa  96.3  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1191  regulatory protein  29.17 
 
 		 262 aa  96.3  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1145  regulatory protein  29.17 
 
 		 262 aa  96.3  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103899  normal  0.251225 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4301  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1854  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.191577  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2034  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2169  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 265 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.841955  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00496  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.81 
 
 		 265 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.361475  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3225  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 265 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.778963  hitchhiker  0.00123276 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00501  hypothetical protein  24.81 
 
 		 265 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4563  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2142  transcriptional regulator, AraC family  29.05 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2944  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0636812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2019  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2385  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2286  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1953  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 268 aa  62  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0209316  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1505  AraC family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 270 aa  61.6  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000918966  hitchhiker  0.0000679283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1698  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 302 aa  57  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3400  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 274 aa  57  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.558312  normal  0.252097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1698  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 222 aa  55.8  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.757591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2997  transcriptional regulator HilD  31.78 
 
 		 309 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000124423  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3028  transcriptional regulator HilD  31.78 
 
 		 309 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000980796  normal  0.0102842 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3080  transcriptional regulator HilD  31.78 
 
 		 309 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  hitchhiker  0.000243626 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3064  transcriptional regulator HilD  31.78 
 
 		 309 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281413  normal  0.145015 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 398 aa  53.1  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3185  transcriptional regulator HilD  30.84 
 
 		 309 aa  53.1  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0472359  normal  0.66129 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2978  AraC family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 297 aa  52.4  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 343 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 344 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 364 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 340 aa  50.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 343 aa  49.7  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0306  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 315 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 373 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0789  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 315 aa  49.7  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2593  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 315 aa  49.7  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 352 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0690  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 316 aa  49.3  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.301677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1967  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 304 aa  49.3  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.83417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0667  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 316 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0758  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 315 aa  49.3  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2406  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 337 aa  48.9  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0741804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 343 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 301 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  33.33 
 
 		 352 aa  47  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07340  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 		 303 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 358 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  32.98 
 
 		 303 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 358 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1284  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 297 aa  46.6  0.0004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.960401  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 361 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  36.96 
 
 		 327 aa  46.2  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 344 aa  46.2  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0986  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 279 aa  45.8  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.949887  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 248 aa  45.8  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 307 aa  45.8  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0769  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 340 aa  45.4  0.0009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.93872  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1280  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 340 aa  45.4  0.0009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0588  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 340 aa  45.4  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0563  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 340 aa  45.4  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3929  putative fimbrial operon positive regulatory protein FanR  26.42 
 
 		 276 aa  45.4  0.0009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.9126 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  34.72 
 
 		 438 aa  45.4  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0304  putative transcription regulator  31 
 
 		 247 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.569536 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1473  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 340 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1503  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 340 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1647  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073277  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  26.12 
 
 		 321 aa  45.4  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2143  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 338 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.344759  normal  0.883029 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2147  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 253 aa  44.3  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.536456  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 347 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 350 aa  44.3  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 363 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 		 307 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 345 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0469  helix-turn-helix domain-containing protein  29.52 
 
 		 353 aa  44.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 336 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 336 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  32.5 
 
 		 341 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2631  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 291 aa  44.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.706027  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 340 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 345 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 247 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>