More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2605 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2605  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  697    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.384933  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1709  Fis family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 326 aa  162  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.839551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  32.44 
 
 		 381 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1131  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.079056 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  30.87 
 
 		 347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  30.2 
 
 		 352 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 351 aa  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  28.66 
 
 		 335 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 359 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 347 aa  110  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  26.96 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.47 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.09 
 
 		 337 aa  99.4  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 332 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  27.09 
 
 		 337 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11424  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 344 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.91456e-22  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 348 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 337 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 353 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  26.17 
 
 		 372 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 364 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 374 aa  96.7  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 337 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 353 aa  94  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  32.09 
 
 		 357 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  28.98 
 
 		 343 aa  93.2  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 376 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 353 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 353 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  25.97 
 
 		 353 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 382 aa  91.3  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  24.33 
 
 		 346 aa  90.9  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 360 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 347 aa  89.4  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 333 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 344 aa  87.8  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1451  transcriptional regulator, AraC family  25.08 
 
 		 338 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.508698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2682  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 380 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 347 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 350 aa  87  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 341 aa  87  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 336 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 336 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 333 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 338 aa  86.7  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 334 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5762  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 337 aa  86.3  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 351 aa  85.9  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 335 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  28.77 
 
 		 348 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 345 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 332 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 345 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2143  transcriptional regulator, AraC family  22.86 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.344759  normal  0.883029 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  29 
 
 		 344 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 359 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  27.04 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 340 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 356 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0940  HTH-type transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 336 aa  84  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  26.91 
 
 		 365 aa  83.6  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1356  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.496627  normal  0.0716856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  29.24 
 
 		 341 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 356 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 333 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 330 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 343 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5344  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 334 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.025482  normal  0.1179 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  24.92 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  33.55 
 
 		 356 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 345 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3219  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  27.37 
 
 		 344 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.68 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 345 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4941  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 338 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  23.86 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 342 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  33.95 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 		 355 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  29.49 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 359 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2068  AraC family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  30.8 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  28.52 
 
 		 333 aa  79.3  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3167  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 352 aa  79.3  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 336 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1113  AraC family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 339 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>