More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1593 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 335 aa  672    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  34.27 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 352 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 		 347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 		 381 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 359 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 342 aa  125  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  28.44 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 369 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 327 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 342 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 334 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 357 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2605  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 342 aa  112  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.384933  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 365 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  27.51 
 
 		 348 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 344 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  27.01 
 
 		 339 aa  106  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 375 aa  106  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  27.91 
 
 		 340 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 348 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 358 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 336 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 358 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  24.69 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 335 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  23.61 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 344 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  26.03 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  24.48 
 
 		 360 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 360 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.06 
 
 		 337 aa  99.8  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 344 aa  99.4  8e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 341 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 		 346 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  29.01 
 
 		 346 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 353 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  24.38 
 
 		 343 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 374 aa  95.1  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 344 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 346 aa  94.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 353 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 390 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 		 365 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 351 aa  93.2  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 347 aa  93.2  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 353 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  25.47 
 
 		 353 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 359 aa  92.4  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 336 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 338 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 366 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.18 
 
 		 345 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  25.46 
 
 		 358 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  26.75 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 353 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  26 
 
 		 335 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 335 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  26.42 
 
 		 366 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 345 aa  90.1  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 340 aa  89.7  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 335 aa  89.7  6e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  25.96 
 
 		 330 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  21.15 
 
 		 350 aa  88.6  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 341 aa  88.6  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 330 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 356 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  25.45 
 
 		 366 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 363 aa  86.7  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 343 aa  86.3  7e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  26.9 
 
 		 340 aa  85.9  9e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  26.22 
 
 		 352 aa  85.9  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 342 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 335 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  25.55 
 
 		 333 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 386 aa  85.5  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 337 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.79 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13768  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 353 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 346 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  25.74 
 
 		 348 aa  83.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  24.26 
 
 		 335 aa  84  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  30.06 
 
 		 357 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  26.65 
 
 		 338 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 339 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  26.3 
 
 		 362 aa  82.8  0.000000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 349 aa  82.4  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>