More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1709 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1709  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  655    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.839551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2605  AraC family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.384933  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 369 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2392  helix-turn-helix domain-containing protein  29.27 
 
 		 381 aa  97.1  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733232  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  26.98 
 
 		 346 aa  95.1  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 359 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 352 aa  92.8  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 347 aa  91.3  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 363 aa  90.9  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  28.53 
 
 		 347 aa  89  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 348 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 332 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 358 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 334 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 337 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  32.84 
 
 		 357 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  29.63 
 
 		 352 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2412  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 386 aa  80.1  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.462091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 344 aa  80.1  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 346 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  29.37 
 
 		 335 aa  79.3  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2600  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 351 aa  78.6  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 340 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 341 aa  77.8  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 339 aa  77  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 350 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 		 362 aa  76.3  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  33.79 
 
 		 335 aa  76.3  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 359 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 346 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 341 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 376 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0588  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 340 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0769  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 340 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.93872  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0563  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 340 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  29.83 
 
 		 348 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1473  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 340 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1280  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 340 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  27.56 
 
 		 340 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4356  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 366 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 341 aa  74.3  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  25.34 
 
 		 345 aa  74.3  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 338 aa  74.3  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 347 aa  73.9  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  25.37 
 
 		 372 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1503  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 340 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 341 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 398 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  31.27 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  29.52 
 
 		 352 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4381  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.165128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1607  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 370 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 351 aa  72.4  0.000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1284  helix-turn-helix domain-containing protein  39.42 
 
 		 337 aa  72.4  0.000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  29.65 
 
 		 339 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3846  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6507  transcriptional regulator, AraC family  29.56 
 
 		 344 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739448  normal  0.944873 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1576  AraC family transcription regulator  33.78 
 
 		 205 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.458352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6523  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 329 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.317039 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3149  helix-turn-helix domain-containing protein  38.61 
 
 		 118 aa  71.2  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0282952  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6033  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.695454 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  30.52 
 
 		 345 aa  71.6  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5669  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0088  AraC family transcription regulator  33.78 
 
 		 170 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.258205  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.32 
 
 		 343 aa  70.5  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 338 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 346 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0092  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 168 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0112  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 170 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.557465  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1518  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 168 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1236  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 168 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0077  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 168 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 372 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  24.24 
 
 		 337 aa  69.7  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 336 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  26.69 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2143  transcriptional regulator, AraC family  25.8 
 
 		 338 aa  69.7  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.344759  normal  0.883029 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 336 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 353 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 353 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  25.09 
 
 		 353 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  39.53 
 
 		 348 aa  69.3  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 338 aa  69.3  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 338 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 347 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  30.06 
 
 		 360 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 369 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 345 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>