More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5692 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 318 aa  655    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  42.16 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  37.82 
 
 		 319 aa  222  8e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  38.64 
 
 		 320 aa  216  4e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 326 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  34.39 
 
 		 311 aa  152  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 333 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 310 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 299 aa  97.4  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 347 aa  92.8  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  31.14 
 
 		 303 aa  89.4  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 312 aa  85.9  8e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  26.54 
 
 		 305 aa  85.9  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  27.5 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  37 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 329 aa  81.3  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 312 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 399 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  37 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  30 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 398 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 350 aa  79.3  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  39.39 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  29.87 
 
 		 384 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.78 
 
 		 325 aa  78.6  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 313 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 313 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  29.51 
 
 		 330 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 320 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  25.63 
 
 		 329 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4321  helix-turn-helix domain-containing protein  23.66 
 
 		 357 aa  76.3  0.0000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  35.34 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12970  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  31.39 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.149965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  26.94 
 
 		 325 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.4 
 
 		 156 aa  74.3  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 277 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0839  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 327 aa  74.3  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  29.5 
 
 		 323 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 365 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 277 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  29.5 
 
 		 323 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  29.5 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 277 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  29.71 
 
 		 351 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 368 aa  72.8  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 382 aa  72.4  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2020  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 143 aa  72.4  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.206011  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 343 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 		 322 aa  72  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 303 aa  72  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4771  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 317 aa  70.9  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 322 aa  70.1  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  28.16 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 271 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3282  helix-turn-helix domain-containing protein  29.3 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1683  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 221 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 271 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 268 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2070  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 		 151 aa  68.2  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 361 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  30.3 
 
 		 261 aa  67.4  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 388 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 295 aa  67  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2462  transcriptional regulator  36.22 
 
 		 337 aa  67  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 271 aa  67  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  20.49 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  27.65 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 286 aa  66.2  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 387 aa  65.9  0.0000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 146 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 146 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 1201 aa  65.5  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>