More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0839 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0839  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  649    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 313 aa  133  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 347 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  30.36 
 
 		 303 aa  95.5  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  30.64 
 
 		 312 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  34.39 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 318 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  35.37 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  29.87 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  36.31 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  26.82 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 382 aa  73.6  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  35.97 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 337 aa  73.2  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  36.69 
 
 		 351 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  36.69 
 
 		 323 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 328 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  36.69 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  28.75 
 
 		 338 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 357 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  40.79 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  35.85 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 325 aa  70.5  0.00000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  31.47 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 		 326 aa  70.1  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 350 aa  69.3  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  36.54 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  30.08 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 		 312 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  32.84 
 
 		 335 aa  67  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 329 aa  66.2  0.0000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  30.08 
 
 		 343 aa  65.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 310 aa  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  30.66 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 146 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 146 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 146 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  31.88 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  26.54 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0422  AraC family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 241 aa  63.2  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  31.48 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1237  AraC family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 272 aa  62.8  0.000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000177874  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.61 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3978  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 318 aa  62  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.250001  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4491  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 334 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  27.98 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1134  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.330045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 325 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3544  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  36.27 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1528  transcriptional regulator  34.31 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.755279  normal  0.310325 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  27.08 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 139 aa  60.8  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0590  transcriptional regulator  30.88 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  29.75 
 
 		 1343 aa  60.5  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  37.25 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0658  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  33.6 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 399 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 384 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 398 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0851  helix-turn-helix domain-containing protein  38.68 
 
 		 285 aa  59.3  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.79639  normal  0.0269486 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1395  AraC family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3608  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 271 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0804414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 519 aa  58.5  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1540  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 319 aa  58.5  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000047582  hitchhiker  0.00155056 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4321  helix-turn-helix domain-containing protein  34.52 
 
 		 357 aa  59.3  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 311 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>