More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5371 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
326 aa  667    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  38.58 
 
 
326 aa  258  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  30.91 
 
 
318 aa  180  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 
318 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 
319 aa  153  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  31.33 
 
 
320 aa  147  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 
311 aa  139  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 
314 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  37.8 
 
 
303 aa  89  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  27.75 
 
 
299 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 
310 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 
296 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  38.76 
 
 
279 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  44 
 
 
302 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 
312 aa  84  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  26.03 
 
 
333 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  38.79 
 
 
296 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  35.29 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  35.37 
 
 
295 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 
319 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
347 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 
308 aa  77.4  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 
320 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 
322 aa  75.5  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  45.56 
 
 
295 aa  75.9  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  23.75 
 
 
368 aa  75.5  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  29.61 
 
 
291 aa  75.5  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 
313 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  37.29 
 
 
319 aa  75.1  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 
329 aa  74.3  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  30.3 
 
 
292 aa  73.9  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 
333 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  39.62 
 
 
323 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 
313 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  39.62 
 
 
351 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  39.62 
 
 
299 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3282  helix-turn-helix domain-containing protein  39.81 
 
 
307 aa  72.8  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  38.68 
 
 
323 aa  72  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 
328 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 
310 aa  71.6  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 
326 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 
343 aa  70.1  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3259  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.560164  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 
338 aa  69.3  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 
299 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 
311 aa  69.3  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.01 
 
 
325 aa  68.9  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 
312 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  38 
 
 
301 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  36.78 
 
 
296 aa  68.6  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 
532 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 
154 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 
312 aa  67.4  0.0000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 
310 aa  67.4  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 
299 aa  67  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 
398 aa  67  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
399 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  42.35 
 
 
319 aa  66.6  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 
317 aa  66.2  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 
339 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  19.23 
 
 
329 aa  66.2  0.0000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 
318 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 
330 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  31.37 
 
 
330 aa  65.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 
350 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  34.72 
 
 
350 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7234  transcriptional regulator, AraC family  41.11 
 
 
297 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0446957 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 
337 aa  65.5  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 
332 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 
332 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 
332 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 
299 aa  65.1  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 
411 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 
361 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0866  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 
251 aa  64.3  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  34.17 
 
 
387 aa  63.9  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5726  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 
286 aa  63.5  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0650  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 
251 aa  63.9  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 
274 aa  63.2  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 
307 aa  63.2  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 
332 aa  62.8  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 
293 aa  62.8  0.000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  27.32 
 
 
312 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 
367 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  27.32 
 
 
312 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 
307 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  27.87 
 
 
367 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 
368 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  27.87 
 
 
367 aa  62  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5636  transcriptional regulator, AraC family  42.17 
 
 
319 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5236  transcriptional regulator  27.87 
 
 
367 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59007  normal  0.0230056 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  45.12 
 
 
277 aa  62.4  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 
368 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  39.74 
 
 
342 aa  62  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 
335 aa  62.4  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 
368 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>