More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3614 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  38.95 
 
 		 295 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  38.58 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 313 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  37.92 
 
 		 279 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  39.06 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  37.15 
 
 		 323 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  37.15 
 
 		 299 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  37.15 
 
 		 351 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  36.3 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  35.1 
 
 		 333 aa  105  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  28.51 
 
 		 303 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  31.79 
 
 		 291 aa  102  8e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 		 368 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 319 aa  99  9e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 347 aa  97.1  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.89 
 
 		 325 aa  95.5  9e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 329 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 312 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 333 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 326 aa  92  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  29.88 
 
 		 330 aa  89  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 312 aa  88.6  1e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  29.68 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 329 aa  86.3  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 399 aa  85.5  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 398 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  29.6 
 
 		 329 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 382 aa  84  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  31.85 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 357 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 322 aa  82.4  0.000000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  29.85 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 322 aa  79.7  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 326 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  27.39 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  29.21 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 259 aa  73.9  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 308 aa  73.6  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  29.86 
 
 		 274 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 277 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 277 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  25.97 
 
 		 343 aa  72.4  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 323 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 331 aa  71.6  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1481  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395688 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 350 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.28 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 313 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0457  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.761894  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 278 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0392  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  20.49 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  32.73 
 
 		 302 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 271 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 271 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 271 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  44.16 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0658  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 269 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 334 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 334 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 334 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 334 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 365 aa  62.8  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  23.83 
 
 		 377 aa  62  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  34.78 
 
 		 261 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 326 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>