More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2338 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  629  1e-179  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 295 aa  197  3e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  41.04 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  33.82 
 
 		 322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  32.25 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  34.41 
 
 		 319 aa  119  6e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  49.02 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 333 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  34.06 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  40.6 
 
 		 312 aa  92.4  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  40.16 
 
 		 326 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  42.16 
 
 		 333 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.67 
 
 		 325 aa  90.5  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  32.65 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  30.6 
 
 		 329 aa  90.1  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 313 aa  89  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  44.55 
 
 		 321 aa  88.2  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 347 aa  87  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 314 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 320 aa  86.3  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  28.69 
 
 		 303 aa  85.9  8e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 398 aa  85.9  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 328 aa  85.9  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 399 aa  85.9  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  34.58 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  36.69 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  43.96 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  33.33 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  42 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  32.87 
 
 		 368 aa  75.9  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  45.16 
 
 		 326 aa  75.5  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  34.82 
 
 		 343 aa  75.5  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 365 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 329 aa  74.3  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 330 aa  74.7  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  37.07 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 326 aa  74.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  35.56 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 325 aa  73.6  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  29.72 
 
 		 312 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 337 aa  72.4  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  39.6 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  39.6 
 
 		 351 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 335 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  37.38 
 
 		 299 aa  72  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 350 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  38.26 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  38.24 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.91 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  33.69 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 320 aa  69.3  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0658  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 361 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 388 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0392  helix-turn-helix domain-containing protein  33.98 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 357 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  37.37 
 
 		 333 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 382 aa  63.9  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0325  transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12970  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  33.64 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.149965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.38 
 
 		 164 aa  62  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0839  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 		 157 aa  60.5  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2960  putative transcriptional regulator  35.77 
 
 		 314 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3086  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 317 aa  59.3  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0131175  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 146 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 146 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 146 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 271 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 271 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0202  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0984  AndR  36.47 
 
 		 405 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1574  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1377  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00832504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>