More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2462 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 267 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  68.86 
 
 		 274 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  69.23 
 
 		 274 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 270 aa  178  9e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  35.02 
 
 		 270 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 279 aa  155  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  30.71 
 
 		 265 aa  152  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 276 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  34.77 
 
 		 283 aa  132  6.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 300 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 275 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 303 aa  126  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 264 aa  127  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 280 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 280 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 280 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 281 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 281 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 276 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 277 aa  121  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 278 aa  121  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 268 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 273 aa  115  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 279 aa  115  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 278 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 278 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  26.67 
 
 		 280 aa  113  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 268 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 278 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4183  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 264 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.928352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4705  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 264 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.974796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  28.9 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3564  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4803  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5480  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280485 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  28.14 
 
 		 275 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  30.34 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  30.83 
 
 		 274 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  26.74 
 
 		 275 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 264 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  29.73 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0040  transcriptional regulator, AraC family  29.77 
 
 		 268 aa  106  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451948  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  26.82 
 
 		 271 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 280 aa  105  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 266 aa  105  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 278 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  32.17 
 
 		 266 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0901  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 264 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 278 aa  103  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 278 aa  102  5e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 279 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3068  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 276 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 280 aa  102  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 266 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1551  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 275 aa  102  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0639275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 		 269 aa  100  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 277 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  30.95 
 
 		 271 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 273 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  31.7 
 
 		 355 aa  99.8  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 270 aa  99  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0617  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 273 aa  99  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0294699 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 277 aa  99  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 284 aa  99  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 272 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 275 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  32.66 
 
 		 264 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3613  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 278 aa  97.1  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.522508  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 274 aa  97.1  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 311 aa  97.1  3e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2430  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 276 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3265  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 276 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.60832  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2585  AraC family transcription regulator  27.17 
 
 		 284 aa  95.5  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429451  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2449  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 284 aa  95.5  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0312  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 284 aa  95.5  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00105398  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>