More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3800 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  520  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  83.14 
 
 		 255 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  81.18 
 
 		 255 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1400  helix-turn-helix domain-containing protein  80.78 
 
 		 255 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113749  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  67.19 
 
 		 254 aa  347  8e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  57.87 
 
 		 254 aa  275  5e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1906  putative transcriptional regulator  58.27 
 
 		 254 aa  275  8e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1820  AraC family transcriptional regulator  57.72 
 
 		 248 aa  256  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.167781  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  33.2 
 
 		 250 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  33.61 
 
 		 250 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 249 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  30.93 
 
 		 259 aa  111  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 255 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  34.48 
 
 		 255 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 255 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 263 aa  105  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  30.31 
 
 		 270 aa  105  8e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4719  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  32.23 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 257 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  99.8  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  32.66 
 
 		 240 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  32.66 
 
 		 240 aa  96.7  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4881  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 263 aa  95.9  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000645238  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3735  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 255 aa  95.1  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.724419  normal  0.587123 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5558  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 255 aa  95.1  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4906  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 256 aa  90.1  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209639  hitchhiker  0.0012176 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 259 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2872  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 259 aa  89.4  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3690  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 257 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278242 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4886  transcriptional regulator, AraC family  35.66 
 
 		 237 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4528  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 257 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3835  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 257 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0110424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0910  helix-turn-helix, AraC type  28.85 
 
 		 243 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1747  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 		 231 aa  85.9  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49476  normal  0.0537138 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  26.02 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  31.73 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3309  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4042  helix-turn-helix domain-containing protein  28.29 
 
 		 263 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2262  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302077  normal  0.0338598 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6428  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 243 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.980502 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6085  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 243 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1861  helix-turn-helix domain-containing protein  29.83 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0711253  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 		 239 aa  72  0.000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 237 aa  72  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 329 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3653  helix-turn-helix domain-containing protein  26.72 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 312 aa  69.7  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  35.79 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1506  helix-turn-helix domain-containing protein  25.61 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  37.23 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 214 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2797  transcriptional regulator  33.88 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  29.6 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 1201 aa  66.2  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  39.08 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 291 aa  65.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2399  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 323 aa  65.5  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  39.08 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0193  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  37.62 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1036  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.280924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 284 aa  65.1  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2799  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.469303  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1065  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261016  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3726  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 534 aa  64.7  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0188  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3242  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3445  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0178  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.309128  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0373  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2465  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4328  AraC-like transcriptional regulator  40.23 
 
 		 306 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 408 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0153  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  36.56 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4417  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 306 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 408 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2186  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703125  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2903  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1395  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 306 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 148 aa  63.5  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 245 aa  63.5  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0706  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 330 aa  63.9  0.000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0374737  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 		 305 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0587  AraC family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 346 aa  63.2  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0551242  normal  0.259692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>