More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1820 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1820  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 248 aa  489  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.167781  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  67.34 
 
 		 254 aa  310  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1906  putative transcriptional regulator  67.61 
 
 		 254 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  61.35 
 
 		 254 aa  299  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 255 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  57.72 
 
 		 257 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 255 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1400  helix-turn-helix domain-containing protein  56.91 
 
 		 255 aa  251  7e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113749  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 249 aa  132  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  37.24 
 
 		 250 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  36.4 
 
 		 250 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 255 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 263 aa  120  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 255 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  34.63 
 
 		 255 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  36.29 
 
 		 240 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 240 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  30.51 
 
 		 259 aa  108  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 257 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3735  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.724419  normal  0.587123 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5558  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4906  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 256 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209639  hitchhiker  0.0012176 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  32.65 
 
 		 270 aa  102  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3690  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 257 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278242 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4528  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 257 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3835  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 257 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0110424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  30.2 
 
 		 257 aa  99.8  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  31.12 
 
 		 270 aa  99  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2262  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 257 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302077  normal  0.0338598 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4719  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 255 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2872  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 259 aa  96.7  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4881  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 263 aa  96.3  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000645238  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 259 aa  95.9  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  33.73 
 
 		 248 aa  88.6  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1861  helix-turn-helix domain-containing protein  32.2 
 
 		 259 aa  85.5  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0711253  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6428  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.980502 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6085  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3653  helix-turn-helix domain-containing protein  27.62 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3309  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1747  transcriptional regulator, AraC family  31.98 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49476  normal  0.0537138 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4042  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0628  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.000338841  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  37.23 
 
 		 332 aa  75.9  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5912  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 281 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4886  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 237 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 214 aa  74.3  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  44.83 
 
 		 335 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 275 aa  73.2  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  44.71 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3696  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  34.53 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1482  transcriptional regulator, AraC family  37.3 
 
 		 345 aa  72.4  0.000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 305 aa  72  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  36.45 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 305 aa  72  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 325 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 325 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 239 aa  72  0.000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0074  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  20.82 
 
 		 309 aa  72  0.000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 325 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  38.78 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.84 
 
 		 380 aa  71.6  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  41 
 
 		 260 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  47.56 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  38.2 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0591  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 316 aa  69.7  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  31.01 
 
 		 255 aa  69.3  0.00000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  42.35 
 
 		 345 aa  69.3  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  22.49 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 325 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  42.35 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  40.23 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4458  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 446 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  43.43 
 
 		 320 aa  68.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2813  transcriptional regulator, AraC family  46.15 
 
 		 301 aa  68.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  43.3 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4554  transcriptional regulator, AraC family  44.05 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5972  transcriptional regulator, AraC family  39.6 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 332 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2695  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 336 aa  67.8  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  0.587426 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6896  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 275 aa  67  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.770331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4999  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>