More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4886 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4886  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 237 aa  466  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0312  AraC family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 245 aa  188  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.162255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 257 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 255 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 254 aa  102  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1906  putative transcriptional regulator  35.98 
 
 		 254 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1400  helix-turn-helix domain-containing protein  35.89 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113749  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 254 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1820  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.167781  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1747  transcriptional regulator, AraC family  33.05 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49476  normal  0.0537138 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  35.51 
 
 		 248 aa  72.4  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  30.33 
 
 		 259 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6428  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.980502 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6085  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 249 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3690  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278242 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4528  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3835  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0110424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4906  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 256 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209639  hitchhiker  0.0012176 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  31.33 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2872  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 259 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0278  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 253 aa  61.2  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  31.03 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  26.5 
 
 		 270 aa  60.8  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0910  helix-turn-helix, AraC type  32.73 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 257 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 255 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4042  helix-turn-helix domain-containing protein  30.38 
 
 		 263 aa  58.5  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3394  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 320 aa  58.5  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.482598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3383  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 320 aa  58.5  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.690138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3445  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 320 aa  58.5  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.68449 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  23.87 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  24.79 
 
 		 270 aa  58.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  39.62 
 
 		 329 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  27.24 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  25.55 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1680  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00886314  normal  0.186042 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0330  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5558  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 255 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 255 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2262  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302077  normal  0.0338598 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3843  transcriptional regulator, AraC family  43.33 
 
 		 339 aa  55.8  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.295718  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00477  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.26 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  36.79 
 
 		 322 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2157  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 346 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.256833  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 342 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2797  transcriptional regulator  35.77 
 
 		 315 aa  55.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2051  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 344 aa  54.7  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0974748 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3309  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3735  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 255 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.724419  normal  0.587123 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 278 aa  53.9  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 329 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1506  helix-turn-helix domain-containing protein  23.73 
 
 		 240 aa  53.9  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 310 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  22.31 
 
 		 259 aa  53.1  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  38.36 
 
 		 317 aa  52.4  0.000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2465  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 313 aa  52  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  40.79 
 
 		 294 aa  52  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 271 aa  51.6  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1502  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 115 aa  51.6  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.182478  normal  0.0194008 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 271 aa  51.6  0.000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1861  helix-turn-helix domain-containing protein  29.44 
 
 		 259 aa  52  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0711253  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 271 aa  51.6  0.000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3775  AraC-like transcriptional regulator  35.71 
 
 		 318 aa  52  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.795213 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000211  transcriptional regulator AraC family  40.26 
 
 		 293 aa  51.6  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3666  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 319 aa  51.2  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293166  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4119  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 296 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320929  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4355  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 356 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1395  AraC family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 301 aa  51.2  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 314 aa  50.8  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3619  transcriptional regulator, AraC family  31.51 
 
 		 340 aa  50.8  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.425647 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 320 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1065  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 306 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261016  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 302 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 320 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4417  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 306 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05946  hypothetical protein  38.96 
 
 		 293 aa  50.1  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1462  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 247 aa  50.4  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5345  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 318 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  23.73 
 
 		 330 aa  50.4  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1395  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 306 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 315 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4328  AraC-like transcriptional regulator  35.9 
 
 		 306 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0193  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  30 
 
 		 305 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3259  AraC family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 332 aa  49.7  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.560164  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 334 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 334 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  38.16 
 
 		 320 aa  49.3  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  33.77 
 
 		 302 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 317 aa  49.3  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 334 aa  49.3  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  37.33 
 
 		 324 aa  49.3  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>