More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1474 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 254 aa  512  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  67.19 
 
 		 257 aa  347  8e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  67.73 
 
 		 255 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  63.92 
 
 		 254 aa  317  9e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1400  helix-turn-helix domain-containing protein  66.93 
 
 		 255 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113749  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  66.93 
 
 		 255 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1906  putative transcriptional regulator  61.96 
 
 		 254 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1820  AraC family transcriptional regulator  61.35 
 
 		 248 aa  287  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.167781  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 263 aa  116  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  35.89 
 
 		 240 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4719  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  31.28 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 249 aa  106  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  31.28 
 
 		 250 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 255 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  31.78 
 
 		 255 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 255 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  30.08 
 
 		 259 aa  102  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 257 aa  99.4  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 287 aa  98.2  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4881  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 263 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000645238  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5558  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3735  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.724419  normal  0.587123 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 259 aa  96.3  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  29.02 
 
 		 270 aa  95.9  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2872  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 259 aa  95.9  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3690  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278242 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4528  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3835  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0110424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  29.17 
 
 		 270 aa  93.6  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  33.73 
 
 		 248 aa  92.8  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4042  helix-turn-helix domain-containing protein  32.4 
 
 		 263 aa  92.4  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2262  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 257 aa  91.3  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302077  normal  0.0338598 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4906  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209639  hitchhiker  0.0012176 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6085  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6428  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.980502 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3309  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 239 aa  89.4  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  27.89 
 
 		 257 aa  89.4  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1747  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 		 231 aa  85.9  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49476  normal  0.0537138 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0910  helix-turn-helix, AraC type  29.71 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4886  transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 237 aa  80.5  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  41.49 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 275 aa  73.6  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0392  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17740  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.69 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.743146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 237 aa  72.4  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0330  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 242 aa  71.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  44.58 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0278  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 253 aa  70.1  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2961  transcriptional regulator, AraC family  42.71 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0159613  hitchhiker  0.000452365 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3653  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0312  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.162255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 150 aa  68.9  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  36.67 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 279 aa  68.6  0.00000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 382 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  44.83 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  43.37 
 
 		 322 aa  67.8  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 199 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 310 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3696  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 188 aa  67  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2797  transcriptional regulator  38.32 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.558867 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0885  transcriptional regulator, AraC family  37.07 
 
 		 254 aa  66.6  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.206255  normal  0.305115 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0975  transcriptional regulator, AraC family  43.37 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0628  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.000338841  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 330 aa  65.9  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 387 aa  65.9  0.0000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  35.21 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 325 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  41.24 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0587  AraC family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 346 aa  64.7  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0551242  normal  0.259692 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0851  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 316 aa  64.7  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3930  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 		 107 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5565  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.18 
 
 		 107 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.601347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.18 
 
 		 107 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0266  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  38.38 
 
 		 108 aa  64.7  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2466  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4580  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.18 
 
 		 107 aa  64.3  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4615  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.18 
 
 		 107 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4383  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 332 aa  64.3  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.433153  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3965  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  39.18 
 
 		 107 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105984 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03894  hypothetical protein  39.18 
 
 		 107 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0334168  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4458  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 446 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1861  helix-turn-helix domain-containing protein  27.71 
 
 		 259 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0711253  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>