More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_2961 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_2961  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
255 aa  511  1e-144  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0159613  hitchhiker  0.000452365 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0885  transcriptional regulator, AraC family  53.31 
 
 
254 aa  242  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.206255  normal  0.305115 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0975  transcriptional regulator, AraC family  46.3 
 
 
271 aa  192  5e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  38.93 
 
 
291 aa  77.4  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1394  two component AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 
523 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  39.8 
 
 
333 aa  73.2  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 
513 aa  72.4  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 
408 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 
408 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1952  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 
271 aa  71.6  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0598764  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 
1201 aa  70.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2152  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 
340 aa  70.1  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.49496 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 
760 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2406  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 
339 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0277312 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  42.71 
 
 
254 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  27.27 
 
 
529 aa  69.3  0.00000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  36.73 
 
 
331 aa  68.9  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 
519 aa  68.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 
359 aa  68.6  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  30.91 
 
 
310 aa  68.6  0.00000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1001  transcriptional regulator, AraC family  26.45 
 
 
307 aa  68.6  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  26.47 
 
 
529 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  40.45 
 
 
255 aa  67.8  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1140  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 
322 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 
538 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 
265 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2415  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 
345 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 
311 aa  67.4  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 
338 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0219  helix-turn-helix domain-containing protein  28.71 
 
 
293 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.882333  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 
279 aa  66.2  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
392 aa  65.9  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 
338 aa  65.9  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1001  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 
324 aa  65.5  0.0000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0569552  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5544  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 
463 aa  65.1  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.258636  normal  0.142482 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 
318 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0064  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 
409 aa  64.7  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  39.8 
 
 
300 aa  65.1  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 
300 aa  64.7  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 
291 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 
361 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2590  transcriptional regulator AraC family  35.79 
 
 
337 aa  64.7  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 
312 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 
279 aa  64.7  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 
148 aa  64.3  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  35.24 
 
 
310 aa  63.9  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 
546 aa  63.9  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.63 
 
 
281 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.63 
 
 
281 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 
250 aa  63.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3940  xylose operon regulatory protein  30.97 
 
 
392 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.688005 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4098  xylose operon regulatory protein  29.57 
 
 
397 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3859  xylose operon regulatory protein  30.97 
 
 
392 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.897217  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3985  xylose operon regulatory protein  30.97 
 
 
392 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3876  xylose operon regulatory protein  30.97 
 
 
392 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 
289 aa  64.3  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0060  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 
397 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4045  xylose operon regulatory protein  30.97 
 
 
392 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.654241  normal  0.387961 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.63 
 
 
281 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 
296 aa  64.3  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 
316 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4155  xylose operon regulatory protein  29.57 
 
 
397 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.664411  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1890  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 
120 aa  64.3  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.520011  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.63 
 
 
281 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4151  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 
392 aa  63.5  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 
309 aa  63.5  0.000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 
332 aa  63.5  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 
255 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 
311 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1865  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 
332 aa  63.5  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 
281 aa  63.5  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  30.56 
 
 
392 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 
392 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  34.51 
 
 
294 aa  63.2  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3892  xylose operon regulatory protein  30.56 
 
 
392 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  30.56 
 
 
392 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03372  hypothetical protein  30.56 
 
 
392 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.716193  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  30.77 
 
 
343 aa  63.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4945  xylose operon regulatory protein  30.56 
 
 
392 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.028978 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  30.56 
 
 
392 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  30.56 
 
 
392 aa  63.2  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 
332 aa  63.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 
281 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 
288 aa  63.2  0.000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 
392 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 
336 aa  63.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 
305 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.46 
 
 
164 aa  62.8  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 
290 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0102  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
392 aa  62.8  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 
293 aa  62.8  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  35.92 
 
 
279 aa  62.8  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 
305 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 
289 aa  62.4  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  34.83 
 
 
354 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  23.29 
 
 
287 aa  62.4  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 
154 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  23.64 
 
 
506 aa  62.8  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1219  transcriptional regulator  32.97 
 
 
329 aa  62.4  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 
271 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>