More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3956 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A3956  putative regulatory protein  100 
 
 		 271 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0244269  normal  0.828136 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4063  putative transcriptional regulator  98.52 
 
 		 271 aa  554  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.453209 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3876  putative transcriptional regulator  98.52 
 
 		 271 aa  553  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4001  putative transcriptional regulator  98.89 
 
 		 271 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.940351  normal  0.48087 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3892  putative transcriptional regulator  98.52 
 
 		 271 aa  553  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03436  putative regulatory protein  84.87 
 
 		 271 aa  489  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3907  AraC family transcriptional regulator  85.24 
 
 		 271 aa  489  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.869248  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03387  hypothetical protein  84.87 
 
 		 271 aa  489  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4950  transcriptional regulator, AraC family  84.5 
 
 		 271 aa  485  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  26.56 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 287 aa  94.7  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 272 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  28.76 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0818  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 531 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 515 aa  71.2  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.1 
 
 		 415 aa  69.7  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3327  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 146 aa  69.3  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000116444  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  25.66 
 
 		 509 aa  69.3  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 291 aa  68.6  0.00000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3661  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0868  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3531  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 1201 aa  67.4  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 502 aa  67.8  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 409 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 409 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 411 aa  67  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 338 aa  67  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2046  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.344929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  24.04 
 
 		 519 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1419  transcriptional regulator  34.07 
 
 		 279 aa  65.9  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0841  transcriptional regulator, AraC family  21.05 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 513 aa  65.9  0.0000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 286 aa  65.5  0.0000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 409 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0209  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2788  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 408 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435011  hitchhiker  0.0000000035636 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2535  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 408 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  30.94 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 185 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05185  hypothetical protein  34.07 
 
 		 280 aa  65.1  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4740  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 277 aa  64.3  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.287591  normal  0.0863508 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001306  putative ARAC-type regulatory protein  32.97 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 386 aa  64.3  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 324 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 324 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  31.96 
 
 		 324 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  39.56 
 
 		 265 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  31.96 
 
 		 324 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  26.15 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 292 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 321 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  39.56 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  26.15 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0893  putative HTH-type regulatory protein, AraC family  31.87 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.364356  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  22.45 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3379  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.29 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.87 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4358  transcriptional regulator, AraC family protein  30 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4522  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425632 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4445  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00788504 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 348 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4448  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172214 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4327  transcriptional regulator, AraC family protein  30 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  21.9 
 
 		 294 aa  62.4  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 298 aa  62.4  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  29.6 
 
 		 198 aa  62  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 347 aa  62  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 347 aa  62  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 347 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  29.6 
 
 		 198 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 318 aa  62  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 409 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 546 aa  61.2  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 519 aa  61.2  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  22.5 
 
 		 530 aa  60.8  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 533 aa  60.8  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 282 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  28.93 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  30.3 
 
 		 412 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  27.33 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  30.71 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0697804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>